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genome PCR トピック削除
No.4214-TOPIC - 2007/05/14 (月) 20:50:01 - 武者修行
 genome PCRで困っています。現在KOマウスを委託して作成中なのですがtargetting vector 作製とスクリーニングに関しては私がすることになりました。
 詳細は省かせていただきますが委託先にスクリーニングに関してOKをいただき実際にtargetting vectorをES細胞に組み込んでいただいて123 cloneの冷凍した状態の細胞を送っていただきました。スクリーニングはPCRとsouthrnで行なうのですが現在細胞からgenomeを抽出しPCRでのスクリーニングを行なっています。
 ここで問題が生じました。geomeの抽出がいきなり全部は大変なので数回に分けたのですがある日に抽出したものだけPCRをかけた結果がスメアなモノになってしまいました。他の日のものでは起きてないし、protcolをいじったりしてないので原因が分からなくて困っています。3回PCRしましたが結果はrepeatableなのでtemplateが一番の原因であると考えています。ただtemplateを電気泳動のパターンや分光光度計での波形を見る限り差があるように見えません。
 どなたかいい案がございましたら協力をお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.4214-5 - 2007/05/15 (火) 12:29:30 - ひろ
PrepmanっていうやつでgenomePCRをしたときはうまくいきました。
これすごく簡単ですよ。試薬入れて95度で煮るだけでPCRできます。
解決するかどうかわかりませんが。。
あとプライマーとかは大丈夫なのですか??

(無題) 削除/引用
No.4214-4 - 2007/05/15 (火) 10:22:03 - gene
genome DNAを直接泳動して、泳動像に変わった様子がないかどうかは確かめてみましたか?

templateは50ng 削除/引用
No.4214-3 - 2007/05/15 (火) 10:16:48 - 武者修行
TK1さん案ありがとうございます。ただ250,50,10ngとdoseふってPCR行なっております。また論文などでgenomeのPCRに用いるtemplateの量は100 〜200ngが一般的なようですし。スメアがでないtemplateに関しては500ngでPCRをかけても問題なかっったので悩んでいます。

(無題) 削除/引用
No.4214-2 - 2007/05/14 (月) 21:49:24 - TK-1
DNAが多すぎるだけじゃないですか?

genome PCR 削除/引用
No.4214-1 - 2007/05/14 (月) 20:50:01 - 武者修行
 genome PCRで困っています。現在KOマウスを委託して作成中なのですがtargetting vector 作製とスクリーニングに関しては私がすることになりました。
 詳細は省かせていただきますが委託先にスクリーニングに関してOKをいただき実際にtargetting vectorをES細胞に組み込んでいただいて123 cloneの冷凍した状態の細胞を送っていただきました。スクリーニングはPCRとsouthrnで行なうのですが現在細胞からgenomeを抽出しPCRでのスクリーニングを行なっています。
 ここで問題が生じました。geomeの抽出がいきなり全部は大変なので数回に分けたのですがある日に抽出したものだけPCRをかけた結果がスメアなモノになってしまいました。他の日のものでは起きてないし、protcolをいじったりしてないので原因が分からなくて困っています。3回PCRしましたが結果はrepeatableなのでtemplateが一番の原因であると考えています。ただtemplateを電気泳動のパターンや分光光度計での波形を見る限り差があるように見えません。
 どなたかいい案がございましたら協力をお願いします。

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