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キアゲン midi トピック削除
No.4380-TOPIC - 2007/06/08 (金) 14:41:16 - A
はじめまして、よろしくお願いします。
midiの最後の沈殿ですきなバッファーで溶かすところなんですが,
ペレットが溶けません。失敗ですか?
 
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No.4380-9 - 2007/06/09 (土) 19:01:37 - UV
このカラムで精製したDNAのUVスペクトルを取ると変な肩があるので、私はいつもさらにフェノール・クロロホルム抽出→エタノール沈殿しています。フェノール・クロロホルム抽出で除けるもののようです。これをして溶け残りが出たことはありません。

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No.4380-8 - 2007/06/09 (土) 16:20:26 - KO
 自分の経験でも、イソプロ沈のあとの
白い沈殿が一部解けないことがあります。
 自分はカラムの担体が出てきたのかと思ってました。
しかしイソプロ沈の沈殿の大部分はDNAなので、TEなどで溶かした後に
遠心して不溶性物質を除いて使って問題なくやっています。

 ちなみにイソプロ沈の後の沈殿は、70%EtOHでリンスして
乾燥させてから溶かしていると思いますが、
乾燥は自分はほとんどやってません。
リンス液を完全にyellow tipで除いたら
2-3分だけ風乾してすぐにTEに溶かしています。
乾燥しすぎると解けにくくなるので。

(無題) 削除/引用
No.4380-7 - 2007/06/09 (土) 10:45:47 - ryo
溶けない沈殿は、炭水化物かもしれません。キアゲンのkitのトラブルシューティングか、Web上のQ and Aかに記載されてあったと思います。

(無題) 削除/引用
No.4380-6 - 2007/06/08 (金) 22:21:35 - A
解けない沈殿は多分蛋白質のコンタミでしょう。自分で
確認したわけではありませんが。解けた皆さんが仰られて
いるように一晩放置して上清に目的のプラスミドがあれば
OKでは。少なくとも私はその方法で問題があった事は
ありません。

(無題) 削除/引用
No.4380-5 - 2007/06/08 (金) 18:24:47 - PAC
>インサートの長さは約3Kbpでベクターは10Kbpくらいのものです。
>ミニプレップではとれます。

Plasmid自体はそんなに巨大ではないのですね。
mini-prepでは取れて、スケールアップしたmidiとかではなぜなのか解りませんが取れない事が多々あるようです。その場合はmini-prepをたくさんやるのが一番手っ取り早いような気がします(他の多くの研究者談)。

あくまでこれは解決策でなくて、私の意見ですが、私なら先に提案した事をやってみてだめならmini-prepします。

(無題) 削除/引用
No.4380-4 - 2007/06/08 (金) 17:22:45 - A
ミニプレップではとれます。

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No.4380-3 - 2007/06/08 (金) 17:21:33 - A
インサートの長さは約3Kbpでベクターは10Kbpくらいのものです。

(無題) 削除/引用
No.4380-2 - 2007/06/08 (金) 16:17:35 - PAC
失敗かどうかの前に.........下記どれかをやってみては如何でしょうか?ちなみに順不同です。

一つ、4℃で一晩放置した後、遠心して上精をgelに流してみる。何もなければ失敗。

一つ、50℃くらいで30分インキュベートしてみる(確か説明書にそのような事が書いてあったと思います)。溶けたら、とりあえずよしとして、gelに流して確認する。もし溶けなかったら遠心して、上精をgelに流してみる。何もなければ失敗。

番外、念のために帰宅前にlarge cultureを開始しておき、明日新たにmidi-prepを開始するまでに説明書のトラブルシューてイングをもう一度読み直す。

質問ですがplasmid+insertの大きさはどれくらいですか?mini-prepでは取れますか?

キアゲン midi 削除/引用
No.4380-1 - 2007/06/08 (金) 14:41:16 - A
はじめまして、よろしくお願いします。
midiの最後の沈殿ですきなバッファーで溶かすところなんですが,
ペレットが溶けません。失敗ですか?

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