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QUIAGEN "RNeasy Mini Kit"による細胞からのRNA抽出 トピック削除
No.4398-TOPIC - 2007/06/11 (月) 13:18:22 - teno
大変困っています。どうかよろしくお願いします。

QUIAGENの"RNeasy Mini Kit"を用いたRNA抽出を行っているのですが、収量が悪くRT-PCRを行うのが困難になっています。(20ng/ul-40ng/ulしか抽出できませんでした。以前は1ug/ul以上取れていました。)
以前にやった時は問題なくできたのですが、突然できなくなりました。
試薬やカラムが古くなった為かと思い、新しいのを買って再度行ったのですが、やはり収量が悪いままでした。

簡単なプロトコールを以下に書きます。細胞はPC12です。
1.10cm dishで60-70%コンフルエントになったところで培地を捨て、Buffer RLT(10ul/ml β-メルカプトエタノール)を600ul dishに加える。
2.ライセートをスクレイパーでかき集め、1.5ml チューブに移す。
3.21-gaugeの注射針でホモジネート
4.以降の操作は添付にあるプロトコール通りに行っています。

DNaseI処理を専用の酵素を使ってカラム上で行っています。
最後の溶出は水を加えた後、10分室温でインキュベートしています。一度溶出した後、その溶出液を使って再度溶出しています。

本当に困っています。うちの研究室ではRNA抽出を行っているのが僕しかいません。誰か、アドバイスをお願いします。
 
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No.4398-5 - 2007/06/12 (火) 13:29:48 - teno
>Mさん
ご返答ありがとうございます。
解決できました。細胞の数が多かった為でした。Dishに加えるBuffer RLTを1.5mlにして、カラムに加える量を600ulにし、他は全て同じプロトコールで行ってみたところ高純度で約1.5ug/ul(30ulで溶出)のtotal RNAが得られました。ほっとしております。
きっと以前にやった時は、細胞を撒くのが下手だったので、Dishの真ん中に集まってしまい、コンフルエントだと感じても、実際の細胞の数が少なかった為、上手くRNAを取れたのだと思います。

アドバイスをしてくれた、まいけさん、Mさん、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.4398-4 - 2007/06/12 (火) 13:00:27 - M
ライセートの量が多すぎませんか?
遠心も室温でしてますよね。

(無題) 削除/引用
No.4398-3 - 2007/06/11 (月) 15:33:48 - teno
>まいけさん
ご返答ありがとうございます。しっかり調整しているつもりでしたが、それは分からないですね。うまく出来ていないので自身もないです。
これから再度RNA抽出を行うので70%EtOHを新しく作成しようと思います。
自分で気付かない初歩的なミスも考えられます。他にもどんな事でも良いのでよろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用
No.4398-2 - 2007/06/11 (月) 13:48:26 - まいけ
70%エタノールは大丈夫ですか?

水とエタノールの比率を間違えて回収できなくなった知人がいました。

QUIAGEN "RNeasy Mini Kit"による細胞からのRNA抽出 削除/引用
No.4398-1 - 2007/06/11 (月) 13:18:22 - teno
大変困っています。どうかよろしくお願いします。

QUIAGENの"RNeasy Mini Kit"を用いたRNA抽出を行っているのですが、収量が悪くRT-PCRを行うのが困難になっています。(20ng/ul-40ng/ulしか抽出できませんでした。以前は1ug/ul以上取れていました。)
以前にやった時は問題なくできたのですが、突然できなくなりました。
試薬やカラムが古くなった為かと思い、新しいのを買って再度行ったのですが、やはり収量が悪いままでした。

簡単なプロトコールを以下に書きます。細胞はPC12です。
1.10cm dishで60-70%コンフルエントになったところで培地を捨て、Buffer RLT(10ul/ml β-メルカプトエタノール)を600ul dishに加える。
2.ライセートをスクレイパーでかき集め、1.5ml チューブに移す。
3.21-gaugeの注射針でホモジネート
4.以降の操作は添付にあるプロトコール通りに行っています。

DNaseI処理を専用の酵素を使ってカラム上で行っています。
最後の溶出は水を加えた後、10分室温でインキュベートしています。一度溶出した後、その溶出液を使って再度溶出しています。

本当に困っています。うちの研究室ではRNA抽出を行っているのが僕しかいません。誰か、アドバイスをお願いします。

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