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(無題) 削除/引用 No.4420-5 - 2007/06/25 (月) 16:07:14 - あああ おそらくひろしさんの理解しておられる方法をショットガン法と呼んで差し支えないと思いますよ。蛋白の混合物を一気に消化して、それをLC-MSMSするだけですから。 感度や分離条件などを至適化してやれば、その後の解析をどうするかなんて事を考えなければ、数百と言わず数千個を一気に同定する事も可能でしょうが、そんなに見て意味があるかどうかは、何をしたいのかにもよるでしょうし、偽陽性も山のように出ている事でしょう。。 しかし、二次元展開しているスポットみたいですし、量は稼いだほうが良いスペクトルを得られるでしょうが、それで同定数が多かったとしても、解析に困るほどではないような気はしますが。。

(無題) 削除/引用 No.4420-4 - 2007/06/19 (火) 10:04:02 - ひろし 皆さんご返信ありがとうございます。 自分の勉強不足があるかもしれません。 ショットガン法は自分も興味を持っていたのですが、 自分が調べた限りでは、 一度に数百個以上同定してくれるらしいのですが、 みなさんがおっしゃっているものとは概念的に異なる方法なのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.4420-3 - 2007/06/18 (月) 13:42:54 - １１１ あああさんのように検出限界はLCやMSの組合せによってかなり変わると思います。特にMSの差が大きい気がします。 LCのﾌﾟﾛﾄｺｰﾙでペプチドの分離を最大限にしてあげるとか、ショットガン法ですると複数個検出できると思います が、確実な同定を望むのであれば、タンパク質の濃度にもよると思いますが、数個〜５個くらいでないと思ったりもします。 ただ、スポットが密集している場合、目的のスポットよりタンパク質量が多いスポットが隣接していると、強度が強いものから分析するため、そちらを優先してMSMSしてしまうことにより、目的のスポットを同定できない可能性があると思います。

(無題) 削除/引用 No.4420-2 - 2007/06/18 (月) 10:26:17 - あああ 感度は装置(LC,MS,カラム等)の性能によっても違いますし、ゲルからの抽出・消化効率や習熟度、蛋白質(ペプチド)の種類によっても違いますから、この質問の仕方では答えにくいのではないでしょうか？ どの程度分離しているのかにもよりますが、一般論という事でよければ、今時の装置は高性能なので例えばイオントラップとかなら10fmol程度あればまず問題無いとは思いますが。。

LC-MSMSについて 削除/引用 No.4420-1 - 2007/06/16 (土) 02:04:41 - ひろし 二次元電気泳動で展開して差があるスポットを得たのですが、 非常にスポットが密集しています。 LC-MSMSは複数のタンパク質でも可能といわれていますが、 検出限界はどの程度なのでしょうか？ 本を見て調べたのですが、 細かい点がわかりません。

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