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PyMOLの使い方について トピック削除
No.4429-TOPIC - 2007/06/18 (月) 15:25:18 - PyMOLer
今まではPDBviewerとしてrasmolを使っていたのですが、絵がきれいだということでPyMOLを使うことにしました。

そこで、質問なのですが、このソフトでは分子を移動させることはできないのでしょうか?マニュアルもひととおり見たつもりですが、わかりませんでした。rasmolでは2つのpdbを読み込んで別々に移動させることもできるかと思いますが、そのようなことは可能でしょうか?
それから、分子の大きさ(分子内の距離)情報をviewerに表示することは可能でしょうか?

よろしくお願いいたします。
 
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ありがとうございました。 削除/引用
No.4429-6 - 2007/06/18 (月) 22:36:07 - PyMOLer
また何かあったときは、よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.4429-5 - 2007/06/18 (月) 18:36:04 - T
例えば
rotate y, 20 , object=[name]
と入れれば、指定したオブジェクトだけが Y 軸の周りに30度回転します。[name] の所に目的とするオブジェクトの名前を入れます。
translate [-10,20,30],object=[name]
などとすれば、指定した座標にオブジェクトが移動します。

見落としてました。 削除/引用
No.4429-4 - 2007/06/18 (月) 18:28:17 - PyMOLer
移動のさせ方はPyMOLのマニュアルに書いてました。
すみません。

>それぞれを別個に移動するには、コマンドを入力する必要があると思います。

こちらについては、方法がわかりませんでしたので、お手数ですがコマンド例などを教えていただけると助かります。
よろしくお願いいたします。

見落としてました。 削除/引用
No.4429-3 - 2007/06/18 (月) 18:25:45 - PyMOLer

(無題) 削除/引用
No.4429-2 - 2007/06/18 (月) 16:53:59 - T
http://www.sh.rim.or.jp/〜kori/pymoler.pdf
などを読んでみてはいかがでしょうか。

「分子の移動」とは分子全体を回転させたり縦横に動かしたりということでしょうか?であれば、マウス操作やコマンド入力で可能です。
複数の PDB ファイルを読み込んで同時に表示することも可能です。それぞれを別個に移動するには、コマンドを入力する必要があると思います。(マウスでもできたらすみません)
原子間距離を測るには Wizard メニューの Measurement を使います。

PyMOLの使い方について 削除/引用
No.4429-1 - 2007/06/18 (月) 15:25:18 - PyMOLer
今まではPDBviewerとしてrasmolを使っていたのですが、絵がきれいだということでPyMOLを使うことにしました。

そこで、質問なのですが、このソフトでは分子を移動させることはできないのでしょうか?マニュアルもひととおり見たつもりですが、わかりませんでした。rasmolでは2つのpdbを読み込んで別々に移動させることもできるかと思いますが、そのようなことは可能でしょうか?
それから、分子の大きさ(分子内の距離)情報をviewerに表示することは可能でしょうか?

よろしくお願いいたします。

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