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Real-time PCR でのStandard Curve トピック削除
No.4458-TOPIC - 2007/06/25 (月) 12:22:04 - jazzmessenger
9年振りに、Real-time PCRをしています。ddCt法を使う為、コントロールとターゲットの増幅を見ました。しかし、両者のスロープにかなり差があるのでddCt法は諦め、今回はStandard CurveからRelative Quantificationを考えています。

そこで質問なのですが、ターゲットのStandard Curve自体がきれいじゃない場合(R2が0.7-0.8)でも、Relative Quantificationは可能でしょうか?コントロールとして使うBeta-actinとGapdhはきれいなカーブが出ています。違うサンプルで二回試しましたが、結果は同じでした。プローブはABIがデザインしたものを使っています。テンプレートはRTでできたcDNAを使用しています。
 
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(無題) 削除/引用
No.4458-2 - 2007/06/27 (水) 15:18:43 - そば
不可能だと思った方が適切かと。
検量線を元に定量するわけですから、検量線の信頼性が低くなれば定量結果の信頼性も当然低下します。

ABIがデザインしたというプライマーの再設計も含め、条件の検討を行うことをお薦めします。

Real-time PCR でのStandard Curve 削除/引用
No.4458-1 - 2007/06/25 (月) 12:22:04 - jazzmessenger
9年振りに、Real-time PCRをしています。ddCt法を使う為、コントロールとターゲットの増幅を見ました。しかし、両者のスロープにかなり差があるのでddCt法は諦め、今回はStandard CurveからRelative Quantificationを考えています。

そこで質問なのですが、ターゲットのStandard Curve自体がきれいじゃない場合(R2が0.7-0.8)でも、Relative Quantificationは可能でしょうか?コントロールとして使うBeta-actinとGapdhはきれいなカーブが出ています。違うサンプルで二回試しましたが、結果は同じでした。プローブはABIがデザインしたものを使っています。テンプレートはRTでできたcDNAを使用しています。

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