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gel shift assay トピック削除
No.4557-TOPIC - 2007/07/17 (火) 14:52:14 - おお
gel shift assayで、プローブをラジオラベルしたときどれぐらい持つでしょうか?みなさんの感触を教えてください。私はRNAをつかって32PーUTPでラベルしてますがなるだけ新鮮な物を使ってラベルしてから2週間以内にbinding activityがなくなってしまいます。みなさんはラベルしたDNA/RNAを還元剤DTTなどを含んだバッファーまたは水中で保存したりとか工夫されていますでしょうか。
 
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No.4557-5 - 2007/07/20 (金) 11:18:53 - おお
>[Re:3] RIさんは書きました :
UTPのhot:cold=1:100なら500bpの中に平均10ヶ所取り込まれているはず。2週間なら半減期なので、このうち5ヶ所は崩壊している計算になります。


RIさんありがとうございました。
確かにPが崩壊するので、切れるというのがまっ先に頭に浮かびますね。そういえばバンドがスメアーになりクリヤーな結果にならない時もあります。でもそうでないこともあるのでどうかなぁと思ったりするわけです。どれぐらいの32PーUTPが取り込まれているかも考えるべきですね。学生のころはそういうところはなるだけクリアーにして実験してましたが最近はてを抜いてしまうことがたたあります。結局のところ可也切れているだろうと予測できますね。DNAの末端ラベルとは違い可也注意が必要だと言うのが見えてきました。あと気になったのは放射能による活性酸素の塩基への攻撃です。これも二重鎖のDNAと違って、塩基が露出しているためDNAよりかなりセンシティブのようにも思えます。

>[Re:2] カナマイシンさんは書きました :
> DNAはいくらでも保存可能な気がしています(もちろん減衰はありますが)。
> 水に溶解、2週間は全然大丈夫ですね。1ヶ月でもいけるんじゃないかな。
> DIGでも全然大丈夫です。
> RNAに特異的な現象ですかね??

カナマイシンさんありがとうございました。

上記のようにRNAのUTPの取り込みによるラベルのためなん点かこの方法に特徴的な懸念があります。でもDNAの末端ラベルは保存という意味では可也大丈夫ということが分かりました。RNAもPNKとかで末端ラベルするともっと持つかもしれませんね。どなたかそういう方法でやっている人はいませんかね。

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No.4557-4 - 2007/07/18 (水) 18:36:03 - RI
gel shiftだから500bpということはありませんね。数字は適宜読み替えてください。

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No.4557-3 - 2007/07/18 (水) 18:13:15 - RI
どれくらいの比活性のアイソトープを使っておられるか分かりませんが、崩壊した32Pのところで切れて短くなって行ってるのではないでしょうか?UTPのhot:cold=1:100なら500bpの中に平均10ヶ所取り込まれているはず。2週間なら半減期なので、このうち5ヶ所は崩壊している計算になります。

(無題) 削除/引用
No.4557-2 - 2007/07/18 (水) 15:13:49 - カナマイシン
DNAはいくらでも保存可能な気がしています(もちろん減衰はありますが)。
水に溶解、2週間は全然大丈夫ですね。1ヶ月でもいけるんじゃないかな。
DIGでも全然大丈夫です。
RNAに特異的な現象ですかね??

ちなみに当方、ガンマ32P-ATPでPolyNucleotide Kinase(TaKaRa)でラベルです。

gel shift assay 削除/引用
No.4557-1 - 2007/07/17 (火) 14:52:14 - おお
gel shift assayで、プローブをラジオラベルしたときどれぐらい持つでしょうか?みなさんの感触を教えてください。私はRNAをつかって32PーUTPでラベルしてますがなるだけ新鮮な物を使ってラベルしてから2週間以内にbinding activityがなくなってしまいます。みなさんはラベルしたDNA/RNAを還元剤DTTなどを含んだバッファーまたは水中で保存したりとか工夫されていますでしょうか。

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