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Northern と定量的 PCR トピック削除
No.4562-TOPIC - 2007/07/18 (水) 07:02:29 - それなりに経験者
ある mRNA の発現量を2つの組織間で比較しようと思っています。免染レベルでタンパクの発現量の差は確認できています(わずかですが明確です)。 mRNA の発現量に差があるかないかが分かれば良い(何割差があるかとか細かい差は必要ない)のですが、系の準備、感度、再現性等全体的な事で Northern と定量的 PCRはどちらがより簡便でしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.4562-3 - 2007/07/19 (木) 00:44:28 - のん
リアルタイムPCRの装置が使えるのであれば、リアルタイムPCRの方が無難かと思います。最近はノーザンでの確認を要求されることも、かなり少なくなっているように思います。
簡便性で言っても、リアルタイムPCRの方が簡単に早く行えると思います。

(無題) 削除/引用
No.4562-2 - 2007/07/18 (水) 09:44:58 - a
PCRの条件が決まればreal time PCRの方が楽だと思います。
準備も含め1,2時間で終了しますし。
最近私は、real timeで行うことが多いです。
既に他の論文で目的の遺伝子のreal time PCRを行っているのであれば、real timeが良いかもしれません。

4倍程度の差は再現性よく定量できました。

発現の差が大きく、定量する必要がないのであれば、普通のPCRで行うだけでも良いかもしれません(4点くらいのサイクル数でサンプリング)。
これが一番簡単です。

ただ、reviewerによってはノーザンでも確認しろとコメントされたこともあります。

Northern と定量的 PCR 削除/引用
No.4562-1 - 2007/07/18 (水) 07:02:29 - それなりに経験者
ある mRNA の発現量を2つの組織間で比較しようと思っています。免染レベルでタンパクの発現量の差は確認できています(わずかですが明確です)。 mRNA の発現量に差があるかないかが分かれば良い(何割差があるかとか細かい差は必要ない)のですが、系の準備、感度、再現性等全体的な事で Northern と定量的 PCRはどちらがより簡便でしょうか?

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