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脳からのmRNA抽出 for microarray トピック削除
No.4593-TOPIC - 2007/07/23 (月) 20:38:21 - ねくら太郎
ラット脳からmRNAを抽出し、マイクロアレイで遺伝子発現を解析したいと考えているのですが、脳はRNAse活性が高く、摘出行程におけるmRNAの劣化が早いため、アレイ解析に用いるための質の良いmRNAを抽出するのに苦労しております。
ラット脳からのmRNA抽出の経験がある方がいらっしゃいましたら、以下の点についてご助言いただけないでしょうか?
(1) 迅速な脳の摘出の仕方
(2) 脳摘出時におけるmRNAの劣化を防ぐための方法
(3) 脳摘出後の処置(摘出後の処置、最適な凍結方法など)

脳摘出後は、できれば薄くスライスし、特的の脳部位(扁桃体)を切り出してmRNAの抽出をしたいと考えています。これについてもご助言を頂けたら幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.4593-3 - 2007/07/24 (火) 16:10:37 - ねくら太郎
a さん
ご返答ありがとうございます。
還流はPFAなどでされているのでしょうか?
他の論文によるとPBSにRNA laterを混ぜて(10%)還流しているのもあるようですが、
通常の還流でもRNAの質の劣化は抑えられるのでしょうか?
ご存知でしたら教えてください。

(無題) 削除/引用
No.4593-2 - 2007/07/24 (火) 15:52:51 - a
(1),(2)は通常通りです。
還流して、即摘出

そして、摘出後ある程度の大きさに切断し、RNAlaterに浸す。
そのまま、4℃でo/n、翌日目的の部位を切り出してRNA精製しています。

脳からのmRNA抽出 for microarray 削除/引用
No.4593-1 - 2007/07/23 (月) 20:38:21 - ねくら太郎
ラット脳からmRNAを抽出し、マイクロアレイで遺伝子発現を解析したいと考えているのですが、脳はRNAse活性が高く、摘出行程におけるmRNAの劣化が早いため、アレイ解析に用いるための質の良いmRNAを抽出するのに苦労しております。
ラット脳からのmRNA抽出の経験がある方がいらっしゃいましたら、以下の点についてご助言いただけないでしょうか?
(1) 迅速な脳の摘出の仕方
(2) 脳摘出時におけるmRNAの劣化を防ぐための方法
(3) 脳摘出後の処置(摘出後の処置、最適な凍結方法など)

脳摘出後は、できれば薄くスライスし、特的の脳部位(扁桃体)を切り出してmRNAの抽出をしたいと考えています。これについてもご助言を頂けたら幸いです。

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