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組織の保存法とRNAの質について トピック削除
No.542-TOPIC - 2004/02/21 (土) 00:56:46 - 組織銀行
こんにちは。よろしくお願いいたします。

 私のいる施設では最近Tissue Bankを立ち上げました。外科切除後の組織は、液体窒素に入れて10分したら、その後ー80度の冷凍庫に移して長期保存しています。
このTissue Bankが立ち上がるまでは、私は個人的な好みでRNALaterを使っていました。そして電気泳動で質のよいRNAを確認していたました。ですが、新しく出来たTissue Bankからのサンプルでは、RNAの質が落ちているのです(18Sバンドに比べて28Sバンドがはっきりしない)。
そこで、Tissue Bankにクレームをつけようかどうか迷っているのですが、実際、この方法(液体窒素に入れて10分後ー80度で長期保存)は広く用いられている確立された方法なのでしょうか?それなら、他に問題があるかもしれないので。
 ご意見を聞かせてください。
 
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(無題) 削除/引用
No.542-9 - 2007/10/21 (日) 15:16:06 - ななし
ぴろよんさん
こんにちは。

瞬間凍結後、-80℃で保管していれば半永久とはいかなくとも
5年10年は余裕です。それに対して-20℃保管はRNALaterICEを使用していない場合は絶対にダメです。

-80℃では水が完全に氷になっていますが、-20℃では実は核酸やタンパク質のような巨大分子を水和している分子が固まっていないためです。

組織銀行さん
こんにちは。

RNAの抽出はサンプル採取から凍結するまでと、それを取り出してRNaseの働かないバッファーと混ぜるまでが一番の大事だと思います。
私の直感では、前者がいい加減なんじゃないかと…。一度、切除後から凍結保存までの工程(時間に関すること)を聞いてみた方がいいかもしれません。

RNAの抽出および保存法について教えてください 削除/引用
No.542-8 - 2007/09/26 (水) 19:01:49 - ぴろよん
1組織をポリエチレンの袋にいれて液体窒素で凍結させたものはどれくらいの期間保存してもRNA抽出が可能でしょうか?
2TRIZOLをもちいてRNA抽出を行う場合、検体をTRIZOLにいれエッペンドルフチューブにいれたものは、−20℃の冷凍庫の場合と−80℃の冷凍庫の場合、それぞれどのくらいの期間保存が可能でしょうか?

ご教授いただけたら幸いです。

RNALater-Ice 削除/引用
No.542-7 - 2004/03/12 (金) 12:00:50 - 組織銀行
はたけさん、またまた貴重なアドバイスをありがとうございます。
今日Ambionのサイトに行ってRNALater-Iceの存在を認識しました。
これで試してみようと思います。

凍結組織→RNAlater 削除/引用
No.542-6 - 2004/03/11 (木) 11:23:40 - はたけ
凍結組織をRNAlaterに漬けるには、RNAlater ICEというものがありますので、これで試されると良いかも知れません。通常のRNAlaterは凍結組織には使用できないとなっております。

TRIZol 削除/引用
No.542-5 - 2004/03/06 (土) 12:39:54 - 組織銀行
ゆみさんご指摘ありがとうございます。
細かいところをいい加減に書いていたのですが(すみません)、実際には、Polytronのある研究室まで車で30分かかるので、4度で保存していたTRIZolは使う頃には少なくとも4度以上にはなっていると思います。が、正確に温度を測ったことはありません。その後、室温で20分インキュベートしてます。
ただ、TRIZolの温度やPHについてそこまで注意を払ってはいませんでした。
DNAのコンタミは、少なくとも電気泳動上はありませんが、その後、DNase処理してます。

横レスですみません 削除/引用
No.542-4 - 2004/03/06 (土) 11:30:07 - ゆみ
TRIZol って4℃で使っていいものなんですか?私はこれまで、TRIZolの温度やphの違いがDNAとRNAの抽出効率に影響するため、劣化などでph変化が無く室温に戻した物を使わないとRNAの至適抽出条件を満たさず、DNAのコンタミネーションを増やす事になると教えられてきたのですが・・・
とんちんかんな事を言ってたらごめんなさい。指摘していただけたら嬉しいです。

Polytron 削除/引用
No.542-3 - 2004/03/05 (金) 23:16:10 - 組織銀行
はたけさん、ご指摘ありがとうございます。
凍結組織からRNAを抽出する際には、ドライアイス上に用意した組織200mgをすばやく4度のTRIzol 1mlに入れて、Polytronでホモゲナイズしています。その後、もう少しTRIzolをつぎたして、1分以下で完全にホモゲナイズされてます。
 以前、凍結サンプル3つおよびRNALaterのサンプル1つ(コントロールとして)を試みた時に、RNALaterサンプルと一番最近の凍結サンプルだけRNAの質がよかったので(電気泳動で)、これは保存法の問題かな?と思ったのですが、単なるCo-incidenceだったのかもしれません。
 そこで次回、Tissue Bankで保存されている組織を、いったんRNALaterに入れて一晩置き、その後同様の方法でホモゲナイズしてみようと思ってます。それで上手く行けば、これは私のホモゲナイズの問題、上手く行かなければ、やはりもともとの組織に問題がある、という結論になる、と考えていますが、いかがでしょうか?
 個人的には、RNALaterが好きです。

失礼ですが 削除/引用
No.542-2 - 2004/03/05 (金) 18:18:11 - はたけ
大変失礼ですが、凍結組織からRNAを抽出する作業はすばやくやっていますか?
溶かしてしまっては、かなり早くRNAが分解されます。
私はLysis Bufferに凍結組織をすばやく放り込み、それと同時に回転式ホモジナイザーでホモジナイズしています。
RNAlaterを使用する場合は、その辺は適当でもインタクトなRNAが取れますので。

組織の保存法とRNAの質について 削除/引用
No.542-1 - 2004/02/21 (土) 00:56:46 - 組織銀行
こんにちは。よろしくお願いいたします。

 私のいる施設では最近Tissue Bankを立ち上げました。外科切除後の組織は、液体窒素に入れて10分したら、その後ー80度の冷凍庫に移して長期保存しています。
このTissue Bankが立ち上がるまでは、私は個人的な好みでRNALaterを使っていました。そして電気泳動で質のよいRNAを確認していたました。ですが、新しく出来たTissue Bankからのサンプルでは、RNAの質が落ちているのです(18Sバンドに比べて28Sバンドがはっきりしない)。
そこで、Tissue Bankにクレームをつけようかどうか迷っているのですが、実際、この方法(液体窒素に入れて10分後ー80度で長期保存)は広く用いられている確立された方法なのでしょうか?それなら、他に問題があるかもしれないので。
 ご意見を聞かせてください。

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