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プロテインマーカー トピック削除
No.1299-TOPIC - 2008/06/10 (火) 09:38:11 - Western
一般論としてのご意見をお聞きしたいのですが、
ウェスタン用のプロテインマーカーはLotによってサイズが異なることがありますか?
以前に使っていたマーカーを使い切ったので、新しいものを注文し、今現在使っているんですが、
以前までのバンドの検出パターンは同じなのに、マーカーの位置がずれています。例えば、50kDa以下に位置するはずのバンドが、明らかに60kDa以上にみられます。
簡単に言えば、マーカーの不良品って可能性はありますか?
もし、同じ経験がある方がいらっしゃれば教えてください。
 
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No.1299-8 - 2008/06/15 (日) 03:33:58 - おお
>[Re:7] Westernさんは書きました :
> 返信が遅くなりました。申し訳ございません。
>
> 今週、bufferを作り直したりして、
> 何回か以前と同じサンプルでやり直しましたが、同じ結果でしたし、

それで、クリアーな違いがあるなら、以前のデーターと、今回のデーターをメーカーに示して、新しいものを送ってもらうとか、新しいマーカをかって、並行して流して明らかに違うのでちゃんとしたものに変えてくれと言えるのでは。

(無題) 削除/引用
No.1299-7 - 2008/06/14 (土) 22:30:46 - Western
返信が遅くなりました。申し訳ございません。

今週、bufferを作り直したりして、
何回か以前と同じサンプルでやり直しましたが、同じ結果でしたし、
同じ研究室の人も「サイズが変です」と言ってきました。
以前のマーカーで行なったときと同じ方法でやってみて、
マーカーの位置だけ比べても明らかに異なっています。
bufferなどは変えていないのですが・・・
なので、メーカーに問い合わせてみましたが、
解決策となる返答は得られていません。

(無題) 削除/引用
No.1299-6 - 2008/06/10 (火) 16:36:29 - おお
precisionはロット間の差がないようにコントロールされていると思いますが、サンプルは同じものをお使いになったのでしょうか、新たなサンプルを作ってそのような結果が出たのでしょうか?
もし変だと思うのであればメーカーにも言った方がいいかもしれません。そのロットでおかしいという報告が上がっているかもしれませんし。もし以前にライセートなどをマーカーとともにSDSPAGEごCBBで染めたりしたことがあるなら、同様に流してみるとライセートのバンドパターンからマーカーがずれているかとか分かると思いますが。
SDSPAGEのバッファーとか変えてませんよね?

(無題) 削除/引用
No.1299-5 - 2008/06/10 (火) 13:08:51 - Western
ありがとうございます。

使用しているマーカーですが、
バイオラッドのprecision Plus Protein Standardsです。
実測サイズを印刷したステッカーは添付してあり、それによりサイズを確認しています。
商品(カタログ番号)は同じものを使っていますので、当然かとは思いますが、どのステッカーも同じものしかありません。
ロットの違いや、何らかの原因による商品の不良として、サイズが異なることがあるんでしょうか?

おお先生
説明不足ですね。混乱させてすいません。
以前まで使用していたロットで50kDa以下に位置していた検出バンドが、
今使用しているロットでは、50kDaと75KDaのバンド間の50KDa寄りの約2/5くらいに位置してしているので、60KDaという表現を使いました。

(無題) 削除/引用
No.1299-4 - 2008/06/10 (火) 10:56:14 - おお
>[Re:1] Westernさんは書きました :
> 一般論としてのご意見をお聞きしたいのですが、
> ウェスタン用のプロテインマーカーはLotによってサイズが異なることがありますか?

あります。そういう場合はロットごとの情報が添付されていると思います。でも最近ロット間のさをなくして販売しているのもあります。商品名を提示してみてはどうでしょうか。

> 以前に使っていたマーカーを使い切ったので、新しいものを注文し、今現在使っているんですが、
> 以前までのバンドの検出パターンは同じなのに、マーカーの位置がずれています。例えば、50kDa以下に位置するはずのバンドが、明らかに60kDa以上にみられます。
何を基準にしているのでしょうか、、、

(無題) 削除/引用
No.1299-3 - 2008/06/10 (火) 10:08:40 - AP
プレステインだと色素のかみ具合がロットごとに違うので若干分子量が振れますが、そういうのとはちがいますか? そういう製品にはロットごとに実測した分子量がデータシートなどで添付されていると思いますが。
いまもそうかは分かりませんが、バイオラッドのプレステインマーカーの場合は実測サイズを印刷したステッカーがついていました。

(無題) 削除/引用
No.1299-2 - 2008/06/10 (火) 09:53:22 - むむむ…
一度、正しいと思われる別のマーカーとパラレルに流してみてはいかがでしょうか?

または、
ゲルのアクリルアミド濃度によって、ゲルの長さに対する絶対的な位置は違ってくるので、
BPBラインの位置で補正して、相対位置で検量線を引いて、R^2が低ければ、
マーカーが悪くなっていると思いますが

プロテインマーカー 削除/引用
No.1299-1 - 2008/06/10 (火) 09:38:11 - Western
一般論としてのご意見をお聞きしたいのですが、
ウェスタン用のプロテインマーカーはLotによってサイズが異なることがありますか?
以前に使っていたマーカーを使い切ったので、新しいものを注文し、今現在使っているんですが、
以前までのバンドの検出パターンは同じなのに、マーカーの位置がずれています。例えば、50kDa以下に位置するはずのバンドが、明らかに60kDa以上にみられます。
簡単に言えば、マーカーの不良品って可能性はありますか?
もし、同じ経験がある方がいらっしゃれば教えてください。

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