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制限酵素反応 トピック削除
No.1598-TOPIC - 2008/07/19 (土) 23:55:54 - cream
制限酵素反応が終わって、次にフェノクロorゲル精製をやる場合に関して質問です。もし、終電とかの関係で上記のステップをやる時間がない場合どうされますか?凍らせて帰るのってどうでしょうか?ちなみに、制限酵素サイト付きプライマーでPCRし、PCR産物を制限酵素処理し、ベクターにライゲーションする場合の話です。
 
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一応 誤解のないようにお答えしておきますが 削除/引用
No.1598-14 - 2008/07/21 (月) 01:55:43 - りょう
このトピの質問に対する答えは最初のTSさんと2番目の私のコメントで「凍結は問題ないでしょう」と既に出ていました。

alternativeな方法として「O/Nで消化しても問題ありませんよ」とのコメントをした際、「クダラナイことは言わないでね」と言ったのは、おそらく「O/Nってあまり聞きませんけど大丈夫なんですか?」というコメントをするヒトがいるだろうと予想したので、これに関しては最近のトピで扱っていて、私以外の複数の研究者が「O/Nで切る事もある」とコメントしていたはずで、再度このトピで扱うのは効率が悪いと思い、先に釘をさしたまでです。決して初心者を攻撃するつもりはありません。皆「差のない初心者」です。さまざまなテーマを異なる手法で研究されている方が集まっているだけです。教授する側とされる側が存在するわけではないと認識しています。
私も質問することが多々あります。

O/Nに関して疑問を持たれたあなたは「提案された」過去のトピをチェックして、その疑問を「消化」すべきだったのでは?そしてこの変法を取り入れるかどうかはその人の勝手です。

一応言っておきますが、私もO/Nで切るのはその日のうちに次のステップに進めない場合・頑張っても完成する日が早まらない場合のみです。O/N信者ではありませんよ。かと言ってO/N消化がマグレで上手くいく手法ではなく20くらいの経験がありますし、問題を感じたことはありません。

あなたの反応を見て ~ さんは「このトピは凍結に関する質問ですよね?」とコメントされたのも私は理解します。

おおさんがいつも親切にコメントされているのも理解しています。

辛口のヒトもいて当然です。なんじゃコイツっと思うヒトもいて当然ですが一般的に言われているように中傷・個人攻撃はやめましょう。
おわり。

ありがとうございます 解決済み 削除/引用
No.1598-13 - 2008/07/20 (日) 23:37:18 - cream
o/n処理に関してはなかなか見つからなかったんですが、過去ログ探し出して拝見しました。o/nは結構微妙みたいですね。凍結はまあ結構だいじょうぶそうだけど、慎重なかたの場合おおさんのようにやりかたを変えているようですね。なんかりょうさんの言ってることが良くわからないのですが。。。

>凍結でもOK。
>O/Nでも問題ないという2つの解決策が出ているはずです。

過去ログ見てもo/nはあんまり良くないようですが、、、あなたは過去ログでもo/nを主張されてますね。クダラナイことって。。。初歩的な水準で議論したらくだらないんですか?ここは玄人向けだから初心者は消えろとでも?

まあ、インターネットだからこういう人もいるんだなーということで締めくくらせていただきます(笑

皆様(特に詳細にお答えくださったおおさん)、ご助言いただきありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1598-12 - 2008/07/20 (日) 18:02:28 - おお
>[Re:11] りょうさんは書きました :
> まだクダラナイ議論やってるんですか?

まぁ、無駄もあって良いじゃないですか。特に研究を初めたばかりの人であれば、やはりほかのラボの人の情報もききたくなりますし、そう言う人には情報量が多いほどいいかと思います。一つのラボでその方針をかたくなに信じて、たのラボに移った時にショック受ける人もいるようですし(ショックだけならいいのですが)、周りがやらないと言う事にかんしてそれだけを信じて良いのかという疑問を持っているという意味では、前向きな面もありますし。

ここで誰かが書き込んでくれるというのは、質問がよく出てくるようなみあきた、書き飽きたことでも、副産物として有用な事を書き込んでくれる可能性もあるわけですから。普段使わない将来使うかもしれないレアな酵素で、これだけはO/Nはダメだったなんて書き込んでくれれば、使ったことがない人には有用な情報かもしれません(情報の信用せいも疑う必要がありますが)。

ま、質問する方も、過去ログもありますのでそれをふまえて、差し障りのないような質問の仕方をした方がいいかもしれませんね。感情的にもつれると、欲しい情報も得られなくなってしまうかもしれませんから。
と言う事で、余裕のある人は持論を書き込むか、書き込んだ過去ログでも紹介してあげてください。余裕のある人は多くないかもしれませんが。

まだクダラナイ議論やってるんですか? 削除/引用
No.1598-11 - 2008/07/20 (日) 17:19:57 - りょう
凍結でもOK。
O/Nでも問題ないという2つの解決策が出ているはずです。

こういう話の展開になるだろうと思って初めに釘をさしたのですが・・・・

(無題) 削除/引用
No.1598-10 - 2008/07/20 (日) 16:11:52 - おお
くわえて、精製度のひくいのはO/Nは避けます。

(無題) 削除/引用
No.1598-9 - 2008/07/20 (日) 16:10:26 - おお
>[Re:5] creamさんは書きました :
> 気持ち悪いからやらないって人はいませんか?私の周囲でやってるひと見たことないんですが。。

いろんな外野的意見が出てますが。O/Nはなるべくやらないで、もしエタチンなどのステップが間にかむ時は、塩を加えてアルコール入れて冷蔵庫かもう少し頑張れるなら一度遠心して上ずみとって70%アルコールいれてから冷蔵庫、でその時点でまだ余裕があると思ったら遠心して、70%アルコールを除いて乾いてねとおまじないをかけて帰る。でも全く時間がなければ冷凍庫いきですねたいていは。しかしながら、PCRプロダクトは切れにくいという面もありますのでそういるものであればO/Nの処理をすることがあります。あとはEcoR1以外であればO/Nはまあいいだろうととも思っています。たまにO/Nをする気がなくても忙しくなって忘れてしまっていて結果論としてO/Nというのもあります。
ということで、絶対にこうするとは決めてませんが、こんな感じで時と場合と気分で決めてます。

質問の目的って、、 削除/引用
No.1598-8 - 2008/07/20 (日) 15:14:17 - cream
そりゃ、こんなクダラナイことでも多分冷凍する派としない派がいるでしょうから両方の意見を聞いた上で自分がどっちにするか決めようと思ってるだけですよw 当たり前のこときかないで下さいw

(無題) 削除/引用
No.1598-7 - 2008/07/20 (日) 11:31:06 - ~
>[Re:5] creamさんは書きました :
> 気持ち悪いからやらないって人はいませんか?私の周囲でやってるひと見たことないんですが。。

これは、制限酵素処理後の冷凍保存についての質問ですよね。
この質問の目的は何ですか?

下に二人ほどやっているという回答もあります。
だれか一人でも制限酵素処理後の冷凍をしないという書き込みが欲しいのであれば、
私はここ3年くらいやっていないので、やらないという回答でもいいですよ。
終電ではなく、始発で帰りましょう。

>O/Nの定義
私がいたところでは、16時間くらいでした。
12時間や20時間にすることで結果が変わるような操作であれば、
具体的な時間がプロトコルにかかれるでしょう。
トランスフェクション時のプロトコルでは、時間数で書かれていました。

O/Nの定義 削除/引用
No.1598-6 - 2008/07/20 (日) 08:30:48 - しちみ
駄レスですが、

O/Nの定義がヒトやラボや国によって違うかもしれません。
ラボのソファで2〜3時間寝てる間に反応を仕掛けるヒトから、「9時〜5時」しか働かないヒトまで。
真偽は定かではありませんが、molecular cloningなど古典的成書は「9時〜5時」だと聞いたことがあります。

O/N消化は自分ならやりません。
やるなら凍結よりも4℃保存かも。

(無題) 削除/引用
No.1598-5 - 2008/07/20 (日) 03:56:55 - cream
気持ち悪いからやらないって人はいませんか?私の周囲でやってるひと見たことないんですが。。

ちなみに 削除/引用
No.1598-4 - 2008/07/20 (日) 01:38:06 - りょう
僕はこれからO/Nで制限酵素処理します。

制限酵素処理ユニット数・時間に関する議論は最近のトピでもあったので
クダラナイコトをゴチャゴチャ言わないでくださいね。

終電間に合いましたか? 削除/引用
No.1598-3 - 2008/07/20 (日) 01:32:14 - りょう
問題ないと思いますが に一票

まったく問題ないと思いますが。 削除/引用
No.1598-2 - 2008/07/20 (日) 00:43:22 - TS

制限酵素反応 削除/引用
No.1598-1 - 2008/07/19 (土) 23:55:54 - cream
制限酵素反応が終わって、次にフェノクロorゲル精製をやる場合に関して質問です。もし、終電とかの関係で上記のステップをやる時間がない場合どうされますか?凍らせて帰るのってどうでしょうか?ちなみに、制限酵素サイト付きプライマーでPCRし、PCR産物を制限酵素処理し、ベクターにライゲーションする場合の話です。

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