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(無題) 削除/引用 No.1633-5 - 2008/07/25 (金) 15:58:08 - PCR お返事ありがとうございます。 自作で作るというのが低コストで大量にアダプターを用意できるようですね。 また、Ｔａｋａｒａでもアダプターが販売されているという情報を頂きありがとうございます。 一度、ボスとどちらを使うか相談したいと思います。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1633-4 - 2008/07/25 (金) 13:15:17 - Pumpkin >ゲノム断片の脱リン酸は必ずしも必要ない すみません、訂正します。私もSma1やRsa1などで平滑化したgDNA, cDNAの脱リン酸はしてません。ちょっと、適当に書いてしまいました。

(無題) 削除/引用 No.1633-3 - 2008/07/25 (金) 13:05:33 - AP 出来合いのシステムを使うのではなければ、自前で配列を設計して、オリゴを注文してアニーリングして使うのはごく普通です。必要に応じてリン酸化などの修飾もオーダーしておきます。リン酸化が必要か、ゲノム断片を脱リン酸化が必要かなどは、実験デザインによるのでよく考えて設計してください。アダプター間でPCRするなら、内側の5'端にはリン酸化は必要、アダプター大過剰にするでしょうからゲノム断片の脱リン酸は必ずしも必要ない、かな（LM-PCRやvectorette PCRでは通常脱リン酸しません）。 >その後、そのアダプター配列のプライマーを用いＰＣＲをかけ、ＤＮＡ断片をランダムに増幅させる。 断片の長さなどによって増幅効率にバイアスがかかるので、「ランダム」という条件を満足するするでしょうか。最近、ぼちぼち使われているゲノム増幅用のpolymerase（Phi29　など）で増幅してからSmaI cutなんかではだめでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1633-2 - 2008/07/25 (金) 11:46:06 - Pumpkin ご自分で作製されてはいかがですか？ Sma1消化のあと脱リン酸するでしょうから、アダプターの短鎖オリゴの5'端にPを付加したものと長鎖のオリゴを合成してもらって、アニーリングさせれば購入するよりもかなり多くできますよ。 2本鎖のアダプターを購入するとなれば、TaKaRa EcoR1Not1BamH1アダプターは使ったことがあります。他にもNEBかどこかでクローニング用にアダプターを販売していたように記憶しています。 トピ主さんがどのような実験の用途を期待しているのかわかりませんがclontechのPCR-Select subtraction kitではアダプター内に同一のプライマー配列とNested用のプライマー配列をもつアダプターが使われております。subtractionしたcDNAの増幅はこれでうまくいっています。2種類のアダプターを使うので、少々実験系を考える必要がありまし、トピ主さんのやろうとしていることには適切でないかもしれません。プロトコル自体はclontechのHPから入手できます。

PCR増幅用のアダプター 削除/引用 No.1633-1 - 2008/07/25 (金) 01:13:52 - PCR はじめまして。現在、以下の実験系を考えています。 ゲノムＤＮＡをSmaIで平滑カットして、ＤＮＡ断片を作成します。次にそのＤＮＡ断片の両端にアダプターをライゲーションし、その後、そのアダプター配列のプライマーを用いＰＣＲをかけ、ＤＮＡ断片をランダムに増幅させる。 そこでお聞きしたいのですが、どなたかアダプターを売っている会社知らないでしょうか。出来れば、長いアダプターの方がＰＣＲに向いていていいと思います。どなたか情報いただければうれしいです。

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