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解決：ありがとうございました 削除/引用 No.1637-9 - 2008/07/26 (土) 22:52:25 - DEPC 皆様、DEPC処理に対してのご回答ありがとうございました。 ミリQ用のフィルタが2万円程度で入手できるようなので、これを購入してRNase Free Waterを作製して実験していくことにしました。使用量の少ない試薬に関してはNuclease Freeの調製済試薬を買うことも視野に入れたいとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.1637-8 - 2008/07/26 (土) 22:07:58 - 今は昔・・ それは、たぶんRNA調製するにはDEPC処理水を使わねばならないと書いてあるプロトコール本が多いからじゃないでしょうか。nucleases-free waterというのがどういうものなのか、知らないのですが、おそらく樹脂で除蛋白したものでしょう。よく知らないですが、もし非常に厳密ですべてはその組成通りでないとうまく行かないというプロトコールがあるとしたら、DEPC処理水ではエタノールとCO2ができるのでnuclease-free waterでは違う結果になる可能性はゼロではないのかなと思いますが。ただ、通常のRNAを使う実験ではまず関係ないでしょう。

(無題) 削除/引用 No.1637-7 - 2008/07/26 (土) 16:33:59 - DEPC 今は昔様 >RNAに関してはmythが多い Ambionのリファレンスありがとう御座いました。非常に参考になりました。やはりわざわざDEPC処理するよりもフィルタ処理のほうが良さそうですね。 しかし、各社ともDEPC処理水とNuclase Free水をどちらも発売しているところはなぜなのでしょうか。値段もほぼ一緒で売られているように見受けられますが、後は好みで幅広いユーザーの確保が目的でしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1637-6 - 2008/07/26 (土) 14:00:49 - 今は昔・・ Ambionのサイトに関連の話が出ていました。 http://www.ambion.com/jp/techlib/tb/tb_178.html RNAに関してはmythが多いです。昔はDEPCを使っておりましたが、トラブルが多いので、水をC18の逆相樹脂を持つSepPakを通して除蛋白したらいいことに気がついて、それで量が必要な場合はやってました。今では専用のカートリッジも出てるんですね、知りませんでした。

(無題) 削除/引用 No.1637-5 - 2008/07/26 (土) 08:59:10 - DEPC in situ様 ご回答ありがとうございます。 組織からかなりの量のRNAを抽出する必要がありまして、抽出試薬は自分でDEPC処理した水か溶液として調製しようと考えておりました。 >ミリポアのタンパクをカットするフィルター（BioPack） 検討してみます。有益な情報ありがとう御座います。 >DEPC処理水が特有の匂いを持っているのは仕様 それなりに芳香が残るものだとは思っていたのですが、いくつかの実験書には匂いが消えるまでオートクレーブを繰り返せという記述もあり、混乱しておりました。

(無題) 削除/引用 No.1637-4 - 2008/07/25 (金) 18:13:09 - in situ 自分も、in vitro transcription、in situ hybridization、RT PCRといったRNAを扱う実験をよくしていますが、DEPC処理水は用いていません。 少量の場合は各種キットに付属しているRNase free waterを用いていますが、in situ hybridizationのときなどにリットル単位で使用することがあるので、ミリポアのタンパクをカットするフィルター（BioPack）にMQ水を通して-20度保存したものを溶かして使っています。 ミリポアに問い合わせたところ、通常のMQ水でも取り出し口が汚染されたりしていない限り、RNase freeとのこと。 ちなみに、DEPC処理水が特有の匂いを持っているのは仕様なのでオートクレーブを繰り返しても消えないと思います。

(無題) 削除/引用 No.1637-3 - 2008/07/25 (金) 17:42:57 - DEPC あかね様 ご回答ありがとうございます。 補足させていただきますとcDNA合成のところはキットに添付されてくるNuclease Free Waterを使うつもりでいます。組織からtotal RNAを抽出する段階のフェノール飽和や各種試薬（できるもの）の調製段階でDEPCを用いた場合、これらの持ち込みというか影響というのは下流までくることがあるのでしょうか。 total RNAをエタノール沈澱で回収した後の70%エタノールをNuclease Free Waterで作製して、その水またはNuclease Freeのバッファに溶解しておけば問題ないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1637-2 - 2008/07/25 (金) 17:36:01 - あかね 私の場合、DEPC処理水は酵素反応には用いません。 in vitroのRNA合成をDEPC処理水で行った際、RNAの収量が激減しました（RNaseのコンタミではありません）。水をDEPC処理するとpHがかなり酸性側にシフトします。そのpHが原因なのかはわかりませんが、RT反応も、RNA合成も、全ての酵素反応にはDEPC処理水ではなく、市販のNuclease Free waterを使用するようにしています。市販のNFWはDEPC処理ではなく特殊なfilterを使ってNuclease等を除去しています。 3000円程度で購入できると思います。開封後、全て1.5 ml tubeに分注して保存しています。

DEPC処理について 削除/引用 No.1637-1 - 2008/07/25 (金) 16:50:23 - DEPC いつも参考にさせていただいております。 DEPC処理に疑問があるのでお答えいただけないでしょうか。過去ログもあたりましたが疑問が払しょくできなかったのでトピ立てさせていただきました。 質問は、 �@DEPC処理した水または溶液をオートクレーブにかけてDEPCの分解操作を行いますが、2〜3回と回数を増やしても芳香が消えません。水ならばまだしも溶液では水の蒸発を伴うので不必要にオートクレーブを繰り返したくないのですが、そのまま実験に使っても差支えないでしょうか。 �A差支えると困る実験は逆転写と逆転写産物のシークエンスです。蛋白合成が阻害されるのは分かったのですが、シークエンスは逆転写物の精製が入るのでよいとして、逆転写についてはわかりませんでした。 どなたかお答え願います。

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