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TAIL-PCRの産物について トピック削除
No.1735-TOPIC - 2008/08/07 (木) 16:34:39 - しっぽ
目的遺伝子のプロモーター領域を決定するため、TAIL-PCRを行いました。プロトコールは秀潤社の植物のPCR実験プロトコールに従いました。3回目のPCR産物をサブクローニングして配列をしらべましたら、GSP3の配列のみ既知シーケンスとぴったり一致して、ほかのところは全く違っていました。3種類のGSPを使っていても、TAILーPCRのときこのようなことはよくあるのでしょうか?

TAIL-PCRを行う際、うまくいかなくて、プライマーを新たに合成する場合、3つとも変えたほうが良いのでしょうか?それとも1番目を変えたらいいのでしょうか?


またプロモーター領域の配列を決定するほかのよい方法があれば、お教えください!


よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1735-4 - 2008/08/14 (木) 11:30:39 - AP
ターゲットが特定されていて、既知配列から周辺の未知配列をPCRで取得するならinverse PCR、LM-PCR、vectorete PCRのほうが確実だと思います。

(無題) 削除/引用
No.1735-3 - 2008/08/10 (日) 18:50:04 - しっぽ
しちみさん

ありがとうございます。
TAIL-PCRの反応条件(アニール温度等)は全く弄らず、プロトコール通りでした。

新しいプライマーで再びチャレンジすると同時に、クロニーングも行おうかなと思います。

(無題) 削除/引用
No.1735-2 - 2008/08/07 (木) 22:52:39 - しちみ
対象の遺伝子はたくさんあるんでしょうか?
TAIL-PCRはトランスポゾンタギングなんかのたくさんの対象遺伝子座に対してパラレルに処理するにはいいと思いますが、条件設定が面倒なので少数の遺伝子領域を対称にするなら、クローニングの法が早いと思います。
それにPCRで遺伝子領域を取得したとしても、配列を確定するにはいずれゲノムクローンをとる必要があると思います。

TAIL-PCRの産物について 削除/引用
No.1735-1 - 2008/08/07 (木) 16:34:39 - しっぽ
目的遺伝子のプロモーター領域を決定するため、TAIL-PCRを行いました。プロトコールは秀潤社の植物のPCR実験プロトコールに従いました。3回目のPCR産物をサブクローニングして配列をしらべましたら、GSP3の配列のみ既知シーケンスとぴったり一致して、ほかのところは全く違っていました。3種類のGSPを使っていても、TAILーPCRのときこのようなことはよくあるのでしょうか?

TAIL-PCRを行う際、うまくいかなくて、プライマーを新たに合成する場合、3つとも変えたほうが良いのでしょうか?それとも1番目を変えたらいいのでしょうか?


またプロモーター領域の配列を決定するほかのよい方法があれば、お教えください!


よろしくお願いします。

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