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No.1746-TOPIC - 2008/08/09 (土) 12:06:39 - 教えて下さい
免疫沈降をしているのですが、回収される量が非常に少ないのです。説明書にはWBしか使った事ないですと書かれていますが、一応取れてきます。WBでチェックしてコントロールIgGで同じ事やってもシグナルはないのでたぶん本物と思います。でもウェスタンブロットしないと見えないくらいでとても濃縮されているようにはみえません。IP後の上清にかなり残っているのでたぶん一部しかキャプチャーできず大半はのがしてるのだと思います。貧乏なので抗体をケチケチ使っているのですがそのせいでしょうか。ペプチド抗原で精製した抗体で1μgを組織抽出液に入れてます。こうしたら回収率が上がりましたという経験がある人いたら教えて下さい。
 
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EDTAは 削除/引用
No.1746-6 - 2008/08/15 (金) 13:16:54 - みょん
再酸化防止のためじゃないでしょうか。
あとはプロテアーゼ対策とか。

なんかよくなってきました免疫沈降が。 削除/引用
No.1746-5 - 2008/08/14 (木) 16:34:39 - 教えて下さい
前に免疫沈降がなんかどうも---という質問をしていろいろ教えてもらったものです。その節はありがとうございました。いろいろ考えて、ダメ元でお盆休み前にもういちどやったら回収率がよくなったので報告します。改良点は1)SDS変性のとき10mMbMEと5mMEDTA(いずれも最終濃度)を入れて95C, 5分加熱した。EDTAをここで何でこんなに入れるのか分かりませんが、ネットで遊んでてたまたま見た記事にそういうのがあったので入れてみました。あんまり関係ないかもしれません。理由知ってる人いたら教えて下さい。2)抗体量を前の2倍の2μgにして、proteinAビーズも2倍にした。3)抗原抗体反応は前は室温で1~2時間くらいだったのを、今回は4Cで10時間やってみた。の3点です。あとは前と同じ条件です。前は回収蛋白質をそれに対する抗体でWBで調べてもシグナルが非常に薄くてかなり長くexposeしてはじめてコントロールの方と比べてようやくほんのすこしなにか見えるかなあというくらいだったのですが、今回はすぐに明瞭に目的の蛋白質の位置にシグナルがバッと見えました。なんか前と全然違うという感じです。もちろんコントロールや抗体だけのレーンにはそれは見えませんので本物とおもいます。いろいろ考えたのですが時間を長くしたのがよかったような気がします。経験では、室温で短時間でもふつうにイケる抗体もあるので、この抗体の場合は抗原-抗体の安定なコンプレックスが出来るまで時間がかかるのかもしれません。


もしも同じような問題を抱えた時参考にしてもらえたらとおもい書きました。(この実験の最終目的は修飾体を認識する別の抗体でWBするpull-downです。それはお盆休み明けたらやろうと思っています。)

(無題) 削除/引用
No.1746-4 - 2008/08/09 (土) 15:17:11 - おお
よりSDSの方が問題になることが多いような気がします。ただこれは抗体によりけりです。1オーダーSDSの濃度を下げるとか、グリセロールを含むTRIONで希釈とか。
でも変性状態でIPですか?何の目的でしょうか、、マスとかで修飾などを解析ということかなぁ。SDS処理後アセトン沈殿とかでSDSを除き、TRITONでリカバーというのもありかも。

(無題) 削除/引用
No.1746-3 - 2008/08/09 (土) 14:48:55 - 教えて下さい
ありがとうございます。associated proteinsが混じるとややこしいので2%SDSで変性させてからトライトン100の入ったbufferで約20倍希釈してました。よってIP時はSDSが0.1% トライトン100が1%になります。トライトン濃度が高すぎるのかともおもいますが、こんな方法でもいままでは目的は達成できてましたのでやりました。うまくいかないのは今の抗体と抗原のアビディティーが低くてそれに対してデタージェントの濃度が高いのかなあと思ってます。

とりあえず 削除/引用
No.1746-2 - 2008/08/09 (土) 14:36:42 - TS
1 ugの抗体量は、大丈夫だと思いますが(私は2ugを標準にしていますが)、組織抽出液は、タンパク量で1mgくらいはあるんですよね?
何時間くらい抗原抗体反応をしていますか?Over night?
組織抽出液は、nativeなタンパク質なのでしょうか?SDSで変性させると収量が増えることもありますね。Co-IPでなければ、変性条件でやってみるのも手かと。
IP時の条件(detergentの濃度とか)は、他のIPで実績があるものですか?

というあたりがとりあえず気になるところです。

IPについて 削除/引用
No.1746-1 - 2008/08/09 (土) 12:06:39 - 教えて下さい
免疫沈降をしているのですが、回収される量が非常に少ないのです。説明書にはWBしか使った事ないですと書かれていますが、一応取れてきます。WBでチェックしてコントロールIgGで同じ事やってもシグナルはないのでたぶん本物と思います。でもウェスタンブロットしないと見えないくらいでとても濃縮されているようにはみえません。IP後の上清にかなり残っているのでたぶん一部しかキャプチャーできず大半はのがしてるのだと思います。貧乏なので抗体をケチケチ使っているのですがそのせいでしょうか。ペプチド抗原で精製した抗体で1μgを組織抽出液に入れてます。こうしたら回収率が上がりましたという経験がある人いたら教えて下さい。

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