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(無題) 削除/引用 No.1761-7 - 2008/08/19 (火) 07:02:47 - sea もっと全然原始的な方法ですが、 各エクソンの長さはNCBIのGenBankのデータに書いてありますので、 目的のsequenceの中のどこに目的のprimerが位置するかという情報が あれば、そのプライマーセットがイントロンをはさんでいるのかどうか、 プライマーが二つのエクソンをまたがっているのかどうか、など 基本的な情報は得られます。

(無題) 削除/引用 No.1761-6 - 2008/08/15 (金) 00:36:55 - あべちゃん studentさんのご指摘以外に、 設計したプライマーがスプライシングのつなぎ目に当たるとか。 生物種は目的のものと合っていますか？ 幾つかの候補に対してサーチしてみても、まったくno matchですか？ すみません。それ以外に思い当たることがないです。

(無題) 削除/引用 No.1761-5 - 2008/08/14 (木) 21:54:06 - student イントロンが長い場合はMax product sizeの設定も長くしておかないとno matchになってしまいますよ

(無題) 削除/引用 No.1761-4 - 2008/08/14 (木) 21:26:18 - あう UCSCのゲノムブラウザーで, in silico PCR productsにプライマーセットを入れてみましたがno　matchとなんども言われます。いれ間違いではないのですが。 大変申し訳ありませんが使い方をもう少し詳しく教えていただけないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1761-3 - 2008/08/14 (木) 17:02:58 - あべちゃん 例えば、mRNAの配列がデータベースに有るならば、その配列を取得します。 取得した配列に対して、Primer3で予測すると、複数の候補がリスアップされますよね。 そのPrimer setsにたいして、UCSCのゲノムブラウザーで, in silico PCR productsを予測できます。このとき、ampliconの大きさを見れば、Primer3でのampliconの大きさと同じか（イントロンを挟まない）、異なるか（イントロンを含む）を判別できます。 設計したPrimer setsに対して、意図しない領域が増幅しないかどうかも推測することができるので、私は好んで使用しています。

Re: 削除/引用 No.1761-2 - 2008/08/13 (水) 19:37:02 - UC こんにちは。 ＞作成したプライマーがイントロンを挟むかどうかなどは調べる方法などはあるのでしょうか。 　いくらでもありますが、Primer3自体に、イントロンを指定してサーチさせる方法があったと思います。詳しくは、Primer3のサイトに載っていると思います。 　また、理論Tm値を上回ったり、下回ったりは普通と思います。 あ、過去ログにありますね。 http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;Code=52

RT-PCRのプライマー設計の仕方 削除/引用 No.1761-1 - 2008/08/13 (水) 16:58:50 - あう お世話になっております。 PCRのぷライマー作成方法についてお伺いしたいです。 現在Primer3にてプライマーの作成をしています。イントロンを挟むように設計するのがよいといわれますが、作成したプライマーがイントロンを挟むかどうかなどは調べる方法などはあるのでしょうか。 またすでに既出かもしれませんがTm値をオーバーするアニーリング温度でPCRを回すのはよろしくないのでしょうか？

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