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QuickChangeを使っていますがコロニーができません トピック削除
No.2457-TOPIC - 2008/12/08 (月) 16:59:38 - mm
QuickChangeUSite-Directed mutagenesis kitを使って変異の導入をしています。

コントロールではコロニーができるのに、実際のsampleでは全くコロニーができません。

PCR後の電気泳動ではバンドが出ている(コントロールのものよりはずいぶん薄いですが・・・)のでPCRはうまくいっていると判断していいのでしょうか?それともこれはもともと入れたtemplateを見ているだけなのでしょうか?

ちなみに反応は20μの系でtemplateは100ng入れています。
電気泳動は反応液から5μとって流しています。


よろしくおねがいします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2457-6 - 2008/12/13 (土) 19:34:47 - mm
>おおさん
酵素なしでPCRしてコントロールにするのですね!
なるほどです!やてみます!!

(無題) 削除/引用
No.2457-5 - 2008/12/11 (木) 00:44:37 - おお
よくやられるDNA(プラスミドやPCRフラグメント)のアガロース電気えいどう
での検出限界はエチブロで5-10ngくらいです。参考までに。
PCR酵素マイナスで、コントロールとると増えぐあいが分かるかもしれません。
DpnI処理でも良いですが。

(無題) 削除/引用
No.2457-4 - 2008/12/09 (火) 17:13:15 - mm
> Kさん
やはりプライマーの問題でしょうか
説明書に載っている量からスタートしてうまくいかず、あれこれ量を増やしていったところバンドは薄いままでプライマーダイマーはたっぷりできてしまいました・・・

ありがとうございます!すこしプライマーを長くしてみます!


> ぱんたさん
確かに多いですよね・・・
50μの系で100までと書いてありました。

さっそくDnpT処理後のものを流してみます!

(無題) 削除/引用
No.2457-3 - 2008/12/08 (月) 20:06:18 - ぱんた
鋳型がちょっと多いような気がしますが?

DpnI処理後のサンプルを流してみれば、鋳型かPCR産物かが分かると思います

おそらく 削除/引用
No.2457-2 - 2008/12/08 (月) 18:42:26 - K
バンドが薄くて、トランスフォーメーションには量が足りなかった可能性が高いと思います。

プライマーダイマーなどが出来ていないか、チェックした上で、
・配列を2塩基ほど長くする。
・プライマーのC末端をG/Cにしてみる。
など
プライマーを設計しなおすのがいいと思います

QuickChangeを使っていますがコロニーができません 削除/引用
No.2457-1 - 2008/12/08 (月) 16:59:38 - mm
QuickChangeUSite-Directed mutagenesis kitを使って変異の導入をしています。

コントロールではコロニーができるのに、実際のsampleでは全くコロニーができません。

PCR後の電気泳動ではバンドが出ている(コントロールのものよりはずいぶん薄いですが・・・)のでPCRはうまくいっていると判断していいのでしょうか?それともこれはもともと入れたtemplateを見ているだけなのでしょうか?

ちなみに反応は20μの系でtemplateは100ng入れています。
電気泳動は反応液から5μとって流しています。


よろしくおねがいします。

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