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ヒトにおいて、あるアミノ酸配列を持つタンパク質を見つけたい トピック削除
No.2514-TOPIC - 2008/12/17 (水) 00:04:30 - あぐりあす
私はあるアミノ酸配列がタンパク質に与える影響について研究しています。
今回ある20aaほどのアミノ酸配列を作成したのですが、そのアミノ酸配列がヒトに含まれているのかを知りたいと思いました。
しかしどのように検索をすればよいかわかりません。
やはりNCBIから探すのがよいのでしょうか?さがすならどのように探せばよいのでしょうか
よろしくお願いします。
 
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No.2514-5 - 2008/12/19 (金) 01:18:38 - CJ
説明はヘルプを見ればよいでしょうし、いろいろ実験してみればすぐに使えるようになりますよ。
Blastpは一致度の高いものから順番に検索結果を表示します。ですから10個中7個一致というやつもリストの中に出てくると思います。
お手元に配列があるでしょうから、それを入力してまずはいろいろ試行錯誤してみてはいかがでしょう?

(無題) 削除/引用
No.2514-4 - 2008/12/18 (木) 23:20:04 - あぐりあす
ありがとうございました。
ちなみに何ですが、blastの説明書的なサイトはないのでしょうか?
私としてはすべてが一致した配列でなく、ある程度(10塩基中7塩基ほど)一致していれば欲、そのようなタンパク質を探しているのですが、検索時の設定の仕方がわかりません。

よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.2514-3 - 2008/12/17 (水) 04:48:23 - おお
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome
ここに配列をインプットしてください

(無題) 削除/引用
No.2514-2 - 2008/12/17 (水) 02:22:34 - CJ
Blastpをつかいます。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi

ヒトにおいて、あるアミノ酸配列を持つタンパク質を見つけたい 削除/引用
No.2514-1 - 2008/12/17 (水) 00:04:30 - あぐりあす
私はあるアミノ酸配列がタンパク質に与える影響について研究しています。
今回ある20aaほどのアミノ酸配列を作成したのですが、そのアミノ酸配列がヒトに含まれているのかを知りたいと思いました。
しかしどのように検索をすればよいかわかりません。
やはりNCBIから探すのがよいのでしょうか?さがすならどのように探せばよいのでしょうか
よろしくお願いします。

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