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インサートの方向決めについて トピック削除
No.2587-TOPIC - 2009/01/01 (木) 01:15:13 - 関西太郎
現在、あるプラスミドのBamH1 サイトに50bpくらいのインサートを入れようとしています。インサートは両末端はBgl2です。インサートの真ん中に酵素サイトを作成し、ミニプレ確認時はその酵素で切れるか否かで判断できるのですが、インサートが短すぎる為、挿入できたインサートの向きを確認することができません。この時何か簡便に確認できる方法はありませんか?シーケンスをかけるとなると手間がかかかりまして・・・。宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.2587-5 - 2009/01/03 (土) 05:16:01 - あべちゃん
>[Re:1] 関西太郎さんは書きました :
> 現在、あるプラスミドのBamH1 サイトに50bpくらいのインサートを入れようとしています。

入れようとしていますって事は、まだ作ってないんですよね。端っこに別の制限酵素サイトを入れた合成オリゴを設計すればいいんじゃないですか?もし、制約が無いならばですが。

別の制限酵素でなくても、片側はBamH1で切れるようにし、もう一方は、こひーしぶ部分のみにすれば、BamH1で片側しか切れないので、ベクターで切断できる制限酵素と合わせれば、向きも判断できます。

(無題) 削除/引用
No.2587-4 - 2009/01/02 (金) 08:45:48 - ~
インサート中に中央以外に制限酵素サイトがあれば、
制限酵素処理+PAGEで見れるかもしれません。

外注しないと読めないのであれば、仕方ありませんが、
1/2で当たりが取れるのが期待されますので、
インサートが入っている4^8クローンをシークエンシングに回した方が早いと思いますけどね。

向きがあっている複数クローンが削れていないかを確認するために読むのと、
手間はそうは変わらないのでは?

(無題) 削除/引用
No.2587-3 - 2009/01/01 (木) 19:40:28 - p
PCRだとおもいます

(無題) 削除/引用
No.2587-2 - 2009/01/01 (木) 01:19:56 - おお
PCR

インサートの方向決めについて 削除/引用
No.2587-1 - 2009/01/01 (木) 01:15:13 - 関西太郎
現在、あるプラスミドのBamH1 サイトに50bpくらいのインサートを入れようとしています。インサートは両末端はBgl2です。インサートの真ん中に酵素サイトを作成し、ミニプレ確認時はその酵素で切れるか否かで判断できるのですが、インサートが短すぎる為、挿入できたインサートの向きを確認することができません。この時何か簡便に確認できる方法はありませんか?シーケンスをかけるとなると手間がかかかりまして・・・。宜しくお願い致します。

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