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UV cross-linkingについて トピック削除
No.2727-TOPIC - 2009/01/26 (月) 10:11:01 - sato
今RNAとタンパクの結合を見るためにラベルしたRNAと細胞抽出液でのUV cross-linking後IPの実験を行っています。
そこで質問なのですが、UV cross-linkingをした際に、タンパク同士は架橋されないのですか?linkの条件は250nmで30分間処理しています。
目的のタンパクがコンプレックスを形成してRNAに結合していると考えているのですが、IP後、目的のタンパクの大きさのシングルバンドが得られるます。
コンプレックスではないのか、それともタンパクどうしは架橋されず、RNAと目的タンパクが直接結合しているのか、判断できません。
どうぞよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2727-5 - 2009/01/27 (火) 15:00:04 - sato
>おおさん

重ね重ね、ありがとうございます。

検索してみたところ、元論文をリファーすることができました。
CLIPは注目されている手法なんですね。

タンパク同士の結合はUV照射では起きないということがわかりました。

本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.2727-4 - 2009/01/27 (火) 13:36:57 - おお
Ule (author)
CLIP

もしそういう記述が見たいのであれば上記のタームで検索してみてください。
たぶん雑誌名がMethodsという文献にその記述があります。
具体的な根拠とかはそこからリファレンス引かないといけないかもしれません。

ありがとうございます 削除/引用
No.2727-3 - 2009/01/27 (火) 13:02:58 - sato
>おおさん

コメントありがとうございます。

タンパク同士は架橋されにくいのですね。

どうもありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.2727-2 - 2009/01/26 (月) 13:22:42 - おお
>[Re:1] satoさんは書きました :

> コンプレックスではないのか、それともタンパクどうしは架橋されず、RNAと目的タンパクが直接結合しているのか、判断できません。

タンパク同士の架橋はUVでは非常に起きにくい
それを利用して、RNA結合タンパクに直接
結合しているターゲットを探す試みも
なされています。

UV cross-linkingについて 削除/引用
No.2727-1 - 2009/01/26 (月) 10:11:01 - sato
今RNAとタンパクの結合を見るためにラベルしたRNAと細胞抽出液でのUV cross-linking後IPの実験を行っています。
そこで質問なのですが、UV cross-linkingをした際に、タンパク同士は架橋されないのですか?linkの条件は250nmで30分間処理しています。
目的のタンパクがコンプレックスを形成してRNAに結合していると考えているのですが、IP後、目的のタンパクの大きさのシングルバンドが得られるます。
コンプレックスではないのか、それともタンパクどうしは架橋されず、RNAと目的タンパクが直接結合しているのか、判断できません。
どうぞよろしくお願いいたします。

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