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脊髄からのRNA抽出 トピック削除
No.679-TOPIC - 2008/02/14 (木) 11:10:26 - POM
RNA取扱い初心者のD2です。

ラットで脊髄損傷時のRNA発現量をRT-PCRを用いて調べたいと思っています。
今のところ、キアゲンのRNeasy mini kit を用いて正常ラットの脊髄を用いて練習をしたのですが、組織10mgから2〜3μgしか取れていません。
泳動結果は比較的きれいで、RNA以外のコンタミや分解もほとんどなく、定量時の波形や波長比も問題ない範囲ですので、抽出の段階に問題があるのかと思っていますが、キアゲンのテクニカルサポートで聞いたところ、脊髄からの抽出資料がないため、お答えできないといわれて今いました。どなたか実践している方がいらっしゃれば教えていただければ幸いです。

抽出方法は
@脊髄1分節分(2mmぐらい)をRNA latarに保存しておいたものを、ホモジナイズする前に、細切しRLT buffer 600μl に移し、チューブ用乳棒で組織塊が見えなくなるまで破砕しています。

Aあとはキットの添付書類どおりにやっています。

教えていただきたい項目としては
@脊髄の重量当たりのRNA抽出可能量
Aホモジナイズ後に15000回転、3分間遠心していますが、遠心後、沈殿物以外に、白色で脂肪様の浮遊物が出てきます。エタノールで溶解するので、そのままカラムにアプライしているのですが、通常このような浮遊物は出ないのでしょうか。
B脳組織ではRNeasy lipis tissue kit を使うほうが収量が上がると書いてあるのですが、脊髄でもそちらを使うほうがよいのでしょうか。

長くて申し訳ありませんが、周りに聞ける人がいなくて困っております。どなたかよろしくお願いします。
 
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No.679-7 - 2010/07/05 (月) 19:36:13 - しんしん
マウスの脊髄(Whole)で、20μg〜50μgは取れてますよ。
方法はTrizolですが。
ホモジナイズして遠心した後、たしかに表層に脂質らしいものが浮きますが、なるべく除くようにしています。
完全には除けませんが・・・

(無題) 削除/引用
No.679-6 - 2008/02/15 (金) 18:58:45 - POM
ありがとうございます。目的とする場所はT9前後ですが、場所によって違うんですね。Lipid Tissue Kitも試してみようと思います。

もう一つの質問ですが、RLT中でホモジナイズし、遠心するとみられる白色の浮遊物は問題ないのでしょうか?おそらく脂肪だと思われるのですが。

(無題) 削除/引用
No.679-5 - 2008/02/15 (金) 14:30:27 - こうじ
それだとちょっと少ない気もしますが
採取している脊髄の場所にもよるでしょうし
RT-PCRには十分なのではないでしょうか。
回収量は、L1やL2から10mgあたりで2-4μg程度です。

(無題) 削除/引用
No.679-3 - 2008/02/14 (木) 14:11:52 - POM
>こうじさん

早速のお返事ありがとうございました。
ちなみに、計算が間違っていて、2サンプルやったんですが、組織10mgあたり
1.2μgと1.8μgでした。これでも妥当なのでしょうか?
脊髄から抽出しているのは僕だけで、実際にやっている人がだいたいどれくらいの収量を得ているのか、数字で教えていただけると安心なのですが・・・。

(無題) 削除/引用
No.679-2 - 2008/02/14 (木) 11:53:22 - こうじ
脳、脊髄、肺、心臓などはRNA量も少なく、
ちゃんと回収できていると思います。

脊髄も脳と同様に脂質が多いため、
検討されているRNeasy lipis tissue kitで試されるのも手かもしれません。

脊髄からのRNA抽出 削除/引用
No.679-1 - 2008/02/14 (木) 11:10:26 - POM
RNA取扱い初心者のD2です。

ラットで脊髄損傷時のRNA発現量をRT-PCRを用いて調べたいと思っています。
今のところ、キアゲンのRNeasy mini kit を用いて正常ラットの脊髄を用いて練習をしたのですが、組織10mgから2〜3μgしか取れていません。
泳動結果は比較的きれいで、RNA以外のコンタミや分解もほとんどなく、定量時の波形や波長比も問題ない範囲ですので、抽出の段階に問題があるのかと思っていますが、キアゲンのテクニカルサポートで聞いたところ、脊髄からの抽出資料がないため、お答えできないといわれて今いました。どなたか実践している方がいらっしゃれば教えていただければ幸いです。

抽出方法は
@脊髄1分節分(2mmぐらい)をRNA latarに保存しておいたものを、ホモジナイズする前に、細切しRLT buffer 600μl に移し、チューブ用乳棒で組織塊が見えなくなるまで破砕しています。

Aあとはキットの添付書類どおりにやっています。

教えていただきたい項目としては
@脊髄の重量当たりのRNA抽出可能量
Aホモジナイズ後に15000回転、3分間遠心していますが、遠心後、沈殿物以外に、白色で脂肪様の浮遊物が出てきます。エタノールで溶解するので、そのままカラムにアプライしているのですが、通常このような浮遊物は出ないのでしょうか。
B脳組織ではRNeasy lipis tissue kit を使うほうが収量が上がると書いてあるのですが、脊髄でもそちらを使うほうがよいのでしょうか。

長くて申し訳ありませんが、周りに聞ける人がいなくて困っております。どなたかよろしくお願いします。

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