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WesternBlotバンドの測定(ImageJ使用) トピック削除
No.1033-TOPIC - 2011/10/07 (金) 15:24:41 - スイキン
ImageJを使用してバンドの比較を行っているのですが、例えばAとBというバンドがあったときに視覚的には明らかにAのほうが濃いのに測定結果はBのほうが濃いという結果になります。ほかに使用できるソフトがあったのでそちらで試してみても同様の結果になります。ほかの人に聞いてみても10人が10人Aのほうが濃いと判断しました。これがそういう結果となるのは構わないのですが、このような結果ですと論文に出したときに説得力が薄れると思われます。どうしてこのようなことになるのでしょうか?何か設定のようなものがあるのでしょうか?
 
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No.1033-5 - 2011/10/08 (土) 16:47:37 - シリウス
具体的な操作方法を示していただけると、
適切なご説明が出来るのですが・・・

通常、フィルムに焼いた画像(同じ分子量)を解析する場合、

(1)File→Openで解析したい画像を取り込みます。
(2)四角のフレームで解析したいバンドを囲み、
   Ctrlキーと1キーを同時に押します。
(3)解析したいレーンが3つ以上ある場合は、
   四角フレームをその場所に移動し、  
   Ctrlキーと2キーを同時に押します。
(4)最後にレーンの場合、Ctrlキーと3キーを同時に押します。
(5)Plots of Figureが出るので、Wand toolで面積を解析します。

基本的な操作方法ですが、見た目で濃いものは、薄いものより、
面積は大きくなると思います(逆になった経験はありません)。

お役に立てば、幸いです。

(無題) 削除/引用
No.1033-4 - 2011/10/08 (土) 05:05:44 - moku
例えばAとBというバンドを切り取ってでも、どこかにアップロードしたら、このあたりのかたが解析してみてくれるんじゃないでしょうか。

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No.1033-3 - 2011/10/07 (金) 19:46:53 - カイ
もしかして、黒をポジティブとするか、白をポジティブとするかの設定が逆とか?
ImageJじゃないですが、BioRadのスキャナーでスキャンしたときにそのままだとウェスタンなどはバンドが黒、DNAのEtBrだとバンドが白ですよね。そのバンドの濃さを測定するときに、ウェスタンなのにDNA用の設定で取り込むと、白いほうが(つまりバンドがないほうが)濃いという結果になってなんでー?となったことがありました。

ImageJでも、学生さんがやり方を見せてくれたときにはピークが規定線の下に出る形で出て、結果が逆になったんですよ。

その後、自分で下記のサイトを見てやり方を学んでからは、ちゃんと濃いもんは濃いと出るようになりました。

http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/menus/analyze-old.html

(無題) 削除/引用
No.1033-2 - 2011/10/07 (金) 17:05:10 - qq
ブランク、引いてる?
濃さと、面積と、その積算値のどれに着目する?

WesternBlotバンドの測定(ImageJ使用) 削除/引用
No.1033-1 - 2011/10/07 (金) 15:24:41 - スイキン
ImageJを使用してバンドの比較を行っているのですが、例えばAとBというバンドがあったときに視覚的には明らかにAのほうが濃いのに測定結果はBのほうが濃いという結果になります。ほかに使用できるソフトがあったのでそちらで試してみても同様の結果になります。ほかの人に聞いてみても10人が10人Aのほうが濃いと判断しました。これがそういう結果となるのは構わないのですが、このような結果ですと論文に出したときに説得力が薄れると思われます。どうしてこのようなことになるのでしょうか?何か設定のようなものがあるのでしょうか?

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