Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

mRNAとタンパク質発現の解離 トピック削除
No.1108-TOPIC - 2011/10/22 (土) 22:16:53 - mrnaprotein
近交系マウスの中に、とあるタンパクの発現がほとんど見られない種が存在することをウエスタンブロットで確認したのですが、Northern blotやqPCRでは正常にmRNAが認められました。生理的にもそのタンパクが欠損しているマウスは正常に発現しているマウスと比べ、やはり少し機能が異なるような印象です。mRNAは正常に見られるのに、タンパク発現が見られないという現象をPaperのDiscussionでどう書こうか、現在悩んでいます。そのようなことは実際にどのような機序で生じるのでしょうか?そのような現象について引用できそうなpaperはあるでしょうか?ご存知の方は教えてください。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



11件 ( 1 〜 11 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.1108-11 - 2011/11/15 (火) 12:51:22 - mrnaprotein
(Harmonia さん)

投稿ありがとうございます。
貴重な情報、本当に助かります。

(無題) 削除/引用
No.1108-10 - 2011/11/15 (火) 08:02:39 - Harmonia
PubMed で
c57bl/6[ti] snp
で検索するとか、
c57bl/6[ti] differential expression
で検索するとか?

(無題) 削除/引用
No.1108-9 - 2011/11/15 (火) 07:35:33 - mrnaprotein
(ab さん)

投稿ありがとうございます。
少しは考えたのですが、アレイで見るのは大変かと尻込みしています。

現在のところ、まずRNAのstabilityを確認してみようと思うのですがどうでしょうか。
また近交系マウスでこのような発現の違いを報告したペーパーをご存じの方がいれば、ご教示頂けると大変ありがたいです。

(無題) 削除/引用
No.1108-8 - 2011/11/15 (火) 07:22:18 - ab
確認するのが大変ですが、そのタンパク質の発現を抑制するmicroRNAの発現に差があったりとか。
mRNAレベルから抑制する場合と、タンパク質レベルから抑制する場合があったと思います。

(無題) 削除/引用
No.1108-7 - 2011/11/14 (月) 23:09:21 - mrnaprotein
(Harmonia さん)

投稿ありがとうございます。
おっしゃるとおりですね。表現がつたなくてすいませんでした。

マウスはC57BL/6Jと6Nです。片方が発現して、他方がほとんどdetect出来ません。
他にBalb/cやICR、ラットも見たのですが、これらには問題なくクロスします。

(無題) 削除/引用
No.1108-6 - 2011/11/14 (月) 22:16:16 - Harmonia
キナーゼだって、いつまでも存在しては困るなら分解される。
余計に分解する獲得形質は考えにくいとしても、キナーゼを分解するヤツを分解する仕組みが壊れていれば、余計に分解される。

Wntシグナルって、そんな感じですよね。

>問題となっているタンパク質はすぐに分解されたり、発
>現が亢進したりするようなタンパク質ではなく、キナーゼです。

こういわれると、「はい、ごめんなさい」って言って、議論が続きません。
気持ちとしては、
「問題となっているタンパク質はすぐに分解されたり、発現が亢進したりするようなタンパク質ではないと、世間一般に言われているので困っています」
ということなのでしょうけど。

タンパクの名前は言わなくていいですが、マウスの系統名は教えてください。
近交系っていっても、いろいろいます。
実験の目的のため、何らかの症状が出やすいものが無意識に選択された系統も居て良いと思います。
だとしたら、ある遺伝子の発現に差が出るってことも大いにありえますよ。

あんがい、ネズミを扱う人にとっては常識だったりして。

お返事遅くなってすいません。 削除/引用
No.1108-5 - 2011/11/14 (月) 20:56:52 - mrnaprotein
お返事遅くなってすいません。

(Boston-Pullman さん)
もちろんポジコンはシングルバンドで検出できています。抗原もN端、C端およびペプチド抗体と3種類の抗体を用いても、近交系マウス間で大きな差があります(発現ありとほぼ無し)。
ノーザンブロットではなぜか発現量は変わりません。
RT-PCRもしてみましたが、シークエンスは全て保存されています。
(qwertyさん)
ですから、ノーザンに差がないのでプロモーターの解析は行っていません。

問題となっているタンパク質はすぐに分解されたり、発
現が亢進したりするようなタンパク質ではなく、キナーゼです。

どのようにアプローチすれば苦慮しており、どなたかご指導を頂けると大変ありがたいです。よろしくお願い申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.1108-4 - 2011/10/23 (日) 07:39:57 - Boston-Pullman
ウェスタン用ポジコンは問題なく検出できているのですよね。確認の意味で。

(無題) 削除/引用
No.1108-3 - 2011/10/23 (日) 00:52:38 - qwerty
Nonsense mutationの可能性は?
シークエンスを読んでみれば、簡単に確認できるかと思いますが。

(無題) 削除/引用
No.1108-2 - 2011/10/23 (日) 00:14:09 - シリウス
つまらないことで恐縮ですが、
「解離」ではなく「乖離」でしょう・・・

>mRNAは正常に見られるのに、タンパク発現が見られないという現象

このような現象も、その逆も、時々、論文で見かけます。

よくある説明としては、mRNAとタンパク質の安定性の違いがあります。

今回の場合、
「タンパク質は合成されているものの、
turn overが早く、検出できない」
という説明になるのでしょうか。

ご紹介できる手元に論文がなく、それを探す時間も今はないので、
ご容赦下さい。

お役に立てば、幸いです。

mRNAとタンパク質発現の解離 削除/引用
No.1108-1 - 2011/10/22 (土) 22:16:53 - mrnaprotein
近交系マウスの中に、とあるタンパクの発現がほとんど見られない種が存在することをウエスタンブロットで確認したのですが、Northern blotやqPCRでは正常にmRNAが認められました。生理的にもそのタンパクが欠損しているマウスは正常に発現しているマウスと比べ、やはり少し機能が異なるような印象です。mRNAは正常に見られるのに、タンパク発現が見られないという現象をPaperのDiscussionでどう書こうか、現在悩んでいます。そのようなことは実際にどのような機序で生じるのでしょうか?そのような現象について引用できそうなpaperはあるでしょうか?ご存知の方は教えてください。

11件 ( 1 〜 11 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。