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(無題) 削除/引用 No.1311-12 - 2011/12/15 (木) 19:42:16 - バイオ初心者 解決しました

(無題) 削除/引用 No.1311-11 - 2011/12/09 (金) 09:09:12 - バイオ初心者 >お試しください。 試して見ました。 これです！　これが自分の考えていた画面です！ 助かりました！ ありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.1311-10 - 2011/12/09 (金) 08:30:10 - ab > >Ensemblのサイトでできますよ。 > 自分の調べたい遺伝子の塩基配列のSeaquence表示で > 色分けされているexon部分をコピペしてAAに変換して > 数えていくというやり方をするのでしょうか？ ちょっと説明します。 いろいろたどり着く方法はあると思いますが、最初に動物種を選んで、目的の遺伝子名（gene symbolだと出やすいです）で検索します。 その後の画面で、"Transcript"を選んで、目的の遺伝子をクリックすると、左のメニューの"Sequence"の中に、"cDNA"というのがあるはずです。 それをクリックすると、mRNA、cDNA、アミノ酸配列が併記されたページに飛びます。 お試しください。

(無題) 削除/引用 No.1311-9 - 2011/12/09 (金) 08:07:03 - バイオ初心者 >PMID:15608236のfigure1とかもやりたい事に近そうな気がします。 そうです！　これが自分の中のイメージ通りの画面なのです！ ・・・ですが、自分の調べたい遺伝子をチェックしたところ、 このようなアミノ酸と塩基配列の並走はありませんでした。 遺伝子によってデータの種類に差があるようです。 >Ensemblのサイトでできますよ。 自分の調べたい遺伝子の塩基配列のSeaquence表示で 色分けされているexon部分をコピペしてAAに変換して 数えていくというやり方をするのでしょうか？ ・・・やはり最低限の労力を惜しんではいけないということですね（汗）

(無題) 削除/引用 No.1311-8 - 2011/12/09 (金) 03:53:20 - これも PMID:15608236のfigure1とかもやりたい事に近そうな気がします。 Proteome Browserのページで遺伝子を検索してみては如何でしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1311-7 - 2011/12/09 (金) 03:36:05 - ab 数えるのと、情報を見つけるのとどっちが早いかですが、Ensemblのサイトでできますよ。 目的の遺伝子のcDNAへのリンクを探してみてください。 http://www.ensembl.org/index.html

(無題) 削除/引用 No.1311-6 - 2011/12/08 (木) 21:31:41 - Harmonia ＞ 遺伝子の名前をクリックすると ＞ 塩基配列とアミノ酸が並走して表示されるページ データベース的には結構ハードルが高い。 データの表示って、 これは何、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 というようなつくりになっています。 NCBI のRefSeqだと、 これはアミノ酸１から６０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 これは核酸１から１８０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 のようにデータが配置されています。 あなたの要求だと これは核酸１から６０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 これはアミノ酸１から２０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 これは核酸６１から１２０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 これはアミノ酸２１から４０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 これは核酸１２１から１８０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 これはアミノ酸４１から６０、ここから始まる、実データ、ここで終わる。 というようなデータ構造になり、核酸配列だけ欲しい場合とかアミノ酸配列だけ欲しい場合は、めんどくさいので、2次利用が期待できない。 確かにフォーマッタ機能としては便利ですが、次の利用が考えにくいデータベースは作りたがらないでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.1311-5 - 2011/12/08 (木) 20:44:08 - バイオ初心者 >DNA解析用のソフトでできませんか？ つまり、塩基配列をコピペしてアミノ酸変換させるというわけですよね。 ええ、そういうソフトはたくさんあると思います。 ・・・すいません。 僕があったらいいなと思っているのは 遺伝子の名前をクリックすると 塩基配列とアミノ酸が並走して表示されるページなのです・・・ 横着です。

(無題) 削除/引用 No.1311-4 - 2011/12/08 (木) 20:09:57 - SDI DNA解析用のソフトでできませんか？SequencherとかDNASISとか（他にもあると思いますが）、たしかできたはずです。読み枠が正逆3フレームずつありますので、一つの塩基配列から6種類のアミノ酸配列が出てきます。

(無題) 削除/引用 No.1311-3 - 2011/12/08 (木) 19:50:15 - バイオ初心者 >印刷して数えればいいじゃん？ まことに正しいと思うのですが・・・ 自分の中には塩基配列が並んでいて、 その下に塩基３つごとに区切った線が引かれていて、 さらにその下にアミノ酸記号が表示されている、 そんなサイトがあったらすごく労力の節約になるな、と 考えていたのです。 そうですか・・・ 横着はダメですか・・・

(無題) 削除/引用 No.1311-2 - 2011/12/08 (木) 19:36:26 - Harmonia なぜそうしたいかが分からないと答えにくい。 印刷して数えればいいじゃん？

XX番目のアミノ酸→YY番目の塩基配列のわかるサイト 削除/引用 No.1311-1 - 2011/12/08 (木) 19:14:52 - バイオ初心者 恥を忍んで質問します。 XX番目のアミノ酸→YY番目の塩基配列というのが 一目でわかるサイトというのはありますでしょうか？ いろいろ調べてみたのですが、 塩基配列だけそしてアミノ酸配列だけ表示されるサイトは数多くあるのですが、 XX番目のアミノ酸とそれをコードするYY番目の塩基配列というのが一目でわかるサイトが どうしても見つかりません。 おそらくはとてつもなく初心者的な質問だと思いますが、 どうかご指導の程宜しくお願いします。

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