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ELISA 蛍光法 トピック削除
No.1343-TOPIC - 2011/12/15 (木) 15:23:07 - 初心者
前回の投稿トピック→
http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2011/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1276

先日いただいたアドバイスを踏まえて、
アスピレーターを使用せずにwashを行いました。
(bufferのみの場合は、勢いよく流しに捨て、吸水紙の上で逆さにし叩きつ けて水気を切る)
これにより、前回投稿した時よりは濃度依存的な部分が出来てきました。
と言っても、Blankが異常に高い現状は変わっていませんし、
あまり状況は進展していないのですが。

プレートリーダーの設定と結果は以下の通りです。
 Mode:Fluorescence Top Reading      
 Excitation Wavelength:325nm
 Emission Wavelength:420nm      
 Excitation Bandwidth:9nm
 Emission Bandwidth:20nm
 Gain:87(Optimal)
 Number of Reads:25
 Integration Time:20μs
 Lag Time:0μs
 Settle Time:0ms
 Part of Plate:A6-H7
 Start Time:15:11:31
 End Time:15:11:48

Blank  23100  24072
Total Binding5161 7788
1pg/ml 7332 8576
10pg/ml 19441 21477
100pg/ml 34710 34230
1000pg/ml 35380 40676
10000pg/ml 35247 34334
Positive Control3141 2770

企業のテクニカルにも、使用したプロトコルと結果を添付してメールをしました。
これでまた少しでも先に進めたら、と考えています。

ここからが本題なのですが、(前置きが長くて申し訳ありません。)
Kitに添付されていたグラフでは、peptide濃度が上がるにつれて蛍光が下がるグラフなのですが、
今回の結果を見ると、peptide濃度が上がるにつれて蛍光も上がるグラフになります。
今まで行った他の実験では、測定したデータがそのままグラフに出力できるソフトを使用していたのですが、
今回の蛍光法では、共同利用のプレートリーダーを利用しているので、
読み取ったデータのみ保存できて、解析は別になっています。
いろいろなサイトや本、このフォーラムなどで勉強しているのですが、
なかなかどうやってグラフにしたらいいのかがわかりません。

考えるヒントだけでもいいので、アドバイスをいただけたらと思います。
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1343-4 - 2011/12/17 (土) 04:00:57 - ab
競合ELISAの逆シグモイド曲線ですが、下記の過去のトピックが参考になると思います。
http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech3/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1235

もし単純にデータの出力ミスであれば、実験自体は上手くできているようですので、あとは「競合ELISA 検量線」などで検索して、原理などを勉強されるとよいのではないでしょうか。
回帰曲線の式がわかれば、特別なソフトではなくExcelでも濃度計算はできると思います(確証はないですが)。

(無題) 削除/引用
No.1343-3 - 2011/12/16 (金) 10:27:12 - 初心者
abさん

ありがとうございます。
上下逆にしてExcelに入力してみたら、
辻褄の合うグラフになりました。
プレートを既に廃棄してしまっているため、
本当にこれで間違いないのかということは確認ができません。

次回もう一度実験を行ってみて、
それで間違いがなければ、このまま続けようと思っています。

やはり、ソフトは必要なのですね。
正確に定量したいわけではないので、シグモイド曲線の状態でもよさそうです。

お勧めのソフトなどありましたら、教えていただけないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1343-2 - 2011/12/16 (金) 06:39:15 - ab
もしかして、結果が上下逆ではないですか?
一番上がpositive controlで、一番下がblankであれば、結果の辻褄が合うんですけど。

グラフは、Excelでも描けますが、グラフソフトを使った方がきれいにできます。
kitの性能上、20-300 pgが直線(logで)になるようなので、その範囲で検量線を描きます。
直線にしたい場合は、10 pg、100 pgと1000 pgくらいしか使えないので、この範囲の点をもっと測定しないといけません。
この範囲でx軸のみ対数をとってからグラフを描くと直線のグラフになります。
検量線を用いて、蛍光強度から濃度を計算する場合は、x軸とy軸を逆にしてグラフを描けばよいです。

もし、直線にならない範囲で検量線を描くのであれば、グラフソフトを使用した方が無難でしょう(シグモイド曲線になります)。

ELISA 蛍光法 削除/引用
No.1343-1 - 2011/12/15 (木) 15:23:07 - 初心者
前回の投稿トピック→
http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2011/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1276

先日いただいたアドバイスを踏まえて、
アスピレーターを使用せずにwashを行いました。
(bufferのみの場合は、勢いよく流しに捨て、吸水紙の上で逆さにし叩きつ けて水気を切る)
これにより、前回投稿した時よりは濃度依存的な部分が出来てきました。
と言っても、Blankが異常に高い現状は変わっていませんし、
あまり状況は進展していないのですが。

プレートリーダーの設定と結果は以下の通りです。
 Mode:Fluorescence Top Reading      
 Excitation Wavelength:325nm
 Emission Wavelength:420nm      
 Excitation Bandwidth:9nm
 Emission Bandwidth:20nm
 Gain:87(Optimal)
 Number of Reads:25
 Integration Time:20μs
 Lag Time:0μs
 Settle Time:0ms
 Part of Plate:A6-H7
 Start Time:15:11:31
 End Time:15:11:48

Blank  23100  24072
Total Binding5161 7788
1pg/ml 7332 8576
10pg/ml 19441 21477
100pg/ml 34710 34230
1000pg/ml 35380 40676
10000pg/ml 35247 34334
Positive Control3141 2770

企業のテクニカルにも、使用したプロトコルと結果を添付してメールをしました。
これでまた少しでも先に進めたら、と考えています。

ここからが本題なのですが、(前置きが長くて申し訳ありません。)
Kitに添付されていたグラフでは、peptide濃度が上がるにつれて蛍光が下がるグラフなのですが、
今回の結果を見ると、peptide濃度が上がるにつれて蛍光も上がるグラフになります。
今まで行った他の実験では、測定したデータがそのままグラフに出力できるソフトを使用していたのですが、
今回の蛍光法では、共同利用のプレートリーダーを利用しているので、
読み取ったデータのみ保存できて、解析は別になっています。
いろいろなサイトや本、このフォーラムなどで勉強しているのですが、
なかなかどうやってグラフにしたらいいのかがわかりません。

考えるヒントだけでもいいので、アドバイスをいただけたらと思います。
よろしくお願いいたします。

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