Bio Technical フォーラム

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配列が無くても描けるプラスミドマップソフト トピック削除
No.180-TOPIC - 2011/03/19 (土) 09:42:54 - Actias
以前のトピックス
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;Code=2337
で、「BioEditのplasmid map作成機能」を知り、愛用し始めています。

今回は、配列情報が無くても、手軽にマップが描けるソフトが無いか、
お尋ねいたします。

BioEdit でも、適当に配列を作り、注釈を入れていくことは可能ですが、
できれば、配列情報なしに描けるものがあればと思っています。

やりたいこと
3.0 kb のベクターから制限酵素で0.5 kb 切り出し、そこに別のベクターから制限酵素で切り出した2.8 kb の断片を入れた。
というのをマップにしたい。
サイズはアガロースゲルからの推定。
配列は、部分的にわかっている。
切り出しに使った制限酵素以外にもサイトとサイズが分かっているものがあるので、それも図に入れたい。

要するに、一昔前に手書きで実験ノートに手で描いていたマップを
改めて電子化したいということですが...
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.180-5 - 2011/03/19 (土) 15:44:10 - Actias
おおさんの言われる方法でBioEdit を使ってやり始めたのですが、面倒になって...

memoさん、Plasmありがとうございます。
探していたのは、これです。

(無題) 削除/引用
No.180-4 - 2011/03/19 (土) 15:06:54 - おお
パワーポイントはどうでしょうか。

その他プラスミドようのソフトでNを認識してくれたらそれでも行けるかも。ダメなら分かっているところ意外はAにするとか、、、

どうでしょうか。 削除/引用
No.180-3 - 2011/03/19 (土) 12:09:39 - memo
これはいかがですか?
biofreesoftware.com/plasm
www.justbio.com/index.php?page=netplasmid

以下は自分用メモ
en.bio-soft.net/plasmid.html

(無題) 削除/引用
No.180-2 - 2011/03/19 (土) 09:44:31 - Actias
Win XP用
フリーソフト
でお願いいたします。
書き忘れてました。

配列が無くても描けるプラスミドマップソフト 削除/引用
No.180-1 - 2011/03/19 (土) 09:42:54 - Actias
以前のトピックス
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;Code=2337
で、「BioEditのplasmid map作成機能」を知り、愛用し始めています。

今回は、配列情報が無くても、手軽にマップが描けるソフトが無いか、
お尋ねいたします。

BioEdit でも、適当に配列を作り、注釈を入れていくことは可能ですが、
できれば、配列情報なしに描けるものがあればと思っています。

やりたいこと
3.0 kb のベクターから制限酵素で0.5 kb 切り出し、そこに別のベクターから制限酵素で切り出した2.8 kb の断片を入れた。
というのをマップにしたい。
サイズはアガロースゲルからの推定。
配列は、部分的にわかっている。
切り出しに使った制限酵素以外にもサイトとサイズが分かっているものがあるので、それも図に入れたい。

要するに、一昔前に手書きで実験ノートに手で描いていたマップを
改めて電子化したいということですが...

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