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酵母の遺伝子名、遺伝子記号 トピック削除
No.364-TOPIC - 2011/05/05 (木) 01:54:54 - もも
酵母の遺伝子名における最初の英語3文字は、どのような意味を示すのでしょうか。英語3文字部分が共通する遺伝子同士になにか関係はあるのでしょうか。
例えば、酵母の遺伝子名として以下のようなものがあげられます。
YBR072W、YCR102C、YCR107W、YDL218W、YDL243C、YDR453C、YDR533C、YFL014W、YFL056C、YFL057C、YGR110W、YJR155W、YKL071W、YKR076W、YLL060C、YLR460C

2つめのYCR102Cと3つめのYCR107Wとはなにか関係があるのでしょうか。
4つめのYDL218Wと5つめのYDL243Cも同じです。

というのも、現在研究を行うなかで、酵母由来のDNAがコードするタンパクより得た現象に関連のありそうな過去の論文をみつけたのですが、そこに登場する酵母遺伝子と今私が扱う遺伝子の3文字の表記が同じなので・・・

初歩的な質問になるのでしょうか。
調べてもわからなかったので、よろしくお願いします。
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.364-4 - 2011/05/07 (土) 15:44:24 - もも
とりあえずさん、弘法さん

お二方とも非常に分かりやすい説明と参考urlありがとうございます。
やはり日本語サイトで調べるより英語サイトを調べるほうが情報量が違いますね。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.364-3 - 2011/05/05 (木) 11:51:04 - 弘法
いわゆる遺伝子名というのは、機能に関連したアルファベット3文字+数字で表されています。例えば、ロイシン生合成系の酵素をコードする遺伝子として、LEU1、LEU2...のように。挙げておられるのは、ゲノム配列から明らかになった全遺伝子にsystematicに順に振った遺伝子の記号です。

Yはyeastを表しています。
2文字目は染色体番号を表していて、第1染色体はA、第2染色体はB...です。
3文字目は染色体の左腕だとL、右腕だとR。
数字はセントロメアから順に振ってあります。
CとWは二本鎖のどちらにコードされているかを表しています。

したがって、YCR102CとYCR107Wは同じ第3染色体の右腕に存在する2つの遺伝子であるということになります。YDL218WとYDL243Cは同じ第4染色体の左腕に存在する二つの遺伝子です。

研究が進んでいて機能の分かっている遺伝子については、このsystematic nameの他に機能を表す名前を持っています。逆に言うと、systematic nameしか付いていない遺伝子の機能はまだ良く分かっていないということです。

それぞれの遺伝子産物の機能に関しては、最も広く使われているデータベースであるSaccharomyces Genome Databaseで調べてみてください。

http://www.yeastgenome.org/

(無題) 削除/引用
No.364-2 - 2011/05/05 (木) 11:42:16 - とりあえず
これですね。原著はゲノム解読論文のはずです。
http://www.yeastgenome.org/help/SystematicNamesHelp.html

3文字記号(YXX)と生理現象の関連性は99%ないでしょう。

酵母の遺伝子名、遺伝子記号 削除/引用
No.364-1 - 2011/05/05 (木) 01:54:54 - もも
酵母の遺伝子名における最初の英語3文字は、どのような意味を示すのでしょうか。英語3文字部分が共通する遺伝子同士になにか関係はあるのでしょうか。
例えば、酵母の遺伝子名として以下のようなものがあげられます。
YBR072W、YCR102C、YCR107W、YDL218W、YDL243C、YDR453C、YDR533C、YFL014W、YFL056C、YFL057C、YGR110W、YJR155W、YKL071W、YKR076W、YLL060C、YLR460C

2つめのYCR102Cと3つめのYCR107Wとはなにか関係があるのでしょうか。
4つめのYDL218Wと5つめのYDL243Cも同じです。

というのも、現在研究を行うなかで、酵母由来のDNAがコードするタンパクより得た現象に関連のありそうな過去の論文をみつけたのですが、そこに登場する酵母遺伝子と今私が扱う遺伝子の3文字の表記が同じなので・・・

初歩的な質問になるのでしょうか。
調べてもわからなかったので、よろしくお願いします。

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