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サブクローニング トピック削除
No.365-TOPIC - 2011/05/05 (木) 18:23:10 - fire
cDNAから増幅したPCR産物をサブクローニングしようと思っているのですが、
インサートの内部ににベクターのクローニングサイトと同じ制限酵素サイトがあった場合どうしていますか?
基本的に無いものを使うしかないとは思いますが、何か他の方法があるかもと思い、
質問させてもらいました。
 
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No.365-11 - 2011/05/10 (火) 05:02:48 - Boston-Pullman
Partial digestion は良くやっています。

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No.365-10 - 2011/05/08 (日) 19:47:45 - Actias
発現ベクター?
ベクターをブラントエンドにして、PCR産物を直接入れてます。

ベクターBamHIで、PCR産物BglIIとかいうのも考えますが、アミノ酸配列を考えると、直接入れたほうが楽です。

(無題) 削除/引用
No.365-9 - 2011/05/08 (日) 07:08:02 - おお
単純にブラントで入れればいいかとも思ったり。。。。
PCRフラグメントにアダプターをライゲーションすれば、酵素できる必要もないし。
http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.asp?unitid=U100003516

(無題) 削除/引用
No.365-8 - 2011/05/07 (土) 14:40:10 - あ
最近教えてもらってやったらうまくいったのですが、内部配列が同じPCRを2種類増幅します。その2種類のPCR産物をアニールすると、制限酵素で切った時と同じ末端になるようにプライマーを設計しておきます。それでベクターにライゲーションします。
割と良い頻度(>半分)であたりのコロニーがありました。
5’リン酸かが前もって必要です。

(無題) 削除/引用
No.365-7 - 2011/05/07 (土) 07:13:11 - おお
>[Re:6] 外切りさんは書きました :
> BsaI, BbsIなどのTypeIIの酵素で切り口が合うようにつくる。
ああ、これもやったことがある。

(無題) 削除/引用
No.365-6 - 2011/05/06 (金) 23:18:30 - 外切り
BsaI, BbsIなどのTypeIIの酵素で切り口が合うようにつくる。

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No.365-5 - 2011/05/06 (金) 13:03:08 - おお
ヒント
http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0211.asp

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No.365-4 - 2011/05/06 (金) 11:20:10 - mAb
In-fusion systemでは制限酵素でインサートを消化する必要がありません。
かなりお勧めです。

(無題) 削除/引用
No.365-3 - 2011/05/06 (金) 09:11:05 - ~
違う制限酵素でも末端が合う酵素の組合せを探す。
平滑末端にして発現ベクターに入れる。
一部のdNTPだけを入れてDNA pol.で埋めることで、残った突出末端部分が合う組合せを探す。
制限酵素処理を数秒だけ行い、すぐに反応を止めて泳動し、期待するサイズのバンドが得られるか挑戦する。
TA cloningした後に、silent mutationを入れてから発現ベクターに移す。

(無題) 削除/引用
No.365-2 - 2011/05/05 (木) 20:41:27 - himawari
TA cloningをする。

サブクローニング 削除/引用
No.365-1 - 2011/05/05 (木) 18:23:10 - fire
cDNAから増幅したPCR産物をサブクローニングしようと思っているのですが、
インサートの内部ににベクターのクローニングサイトと同じ制限酵素サイトがあった場合どうしていますか?
基本的に無いものを使うしかないとは思いますが、何か他の方法があるかもと思い、
質問させてもらいました。

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