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複数回膜貫通ドメインタンパク質のループのデリーション トピック削除
No.371-TOPIC - 2011/05/07 (土) 19:26:55 - LLL
現在、6回膜貫通型タンパク質の解析を行っております。
このタンパク質と結合するタンパク質(細胞質タンパク質)を発見し、その結合ドメインを決定しようとしています。

少なくともN末、C末をほぼ完全に欠損させても結合はできていることから、膜貫通ドメイン間のループ部分で結合していると考えております。
そのためループ部分のデリーションを行いたいと思っているのですが、デリーション部分によってはその前後の膜貫通ドメインが膜に挿入されなくなってしまうような影響を与えてしまうのではと思っております。

膜貫通ドメイン間のループをデリーションする場合、代わりに挿入したほうがよい代わりのループ配列などがあるのでしょうか?また貫通ドメインから数アミノ酸はデリーションしてはいけないなどあるのでしょうか?

よろしくお願いします。
 
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No.371-6 - 2011/05/10 (火) 05:07:06 - Boston-Pullman
>[Re:4] JHさんは書きました :
> いろいろなやり方があるでしょうが、類似の構造(この場合は6回膜貫通構造)を持つが結合しないことが分かっている蛋白とループ領域を交換したキメラ蛋白質を作るのが、比較的安全な方法だと思います。

賛成です。

(無題) 削除/引用
No.371-5 - 2011/05/08 (日) 14:32:31 - LLL
皆様ご助言ありがとうございます。


>[Re:3] あさんは書きました :
> 逆に、ループだけを発現させてはどうでしょうか。

確かにそれなら、膜ドメインへの影響なんて考える必要がありませんね。検討してみます。


>[Re:2] おおさんは書きました :
> まずはトランケーションでやってみてはどうでしょうか。
> 膜貫通ドメインの直前でC末から削ってそれぞれの膜貫通ドメインにたいしてトランケーションミュータントをつくるとか。
>

そうですね。下手にループ部分をいきなりいじるよりも、まずは膜ドメインも含めてデリーションしてみるもの手ですね。

(無題) 削除/引用
No.371-4 - 2011/05/08 (日) 13:08:46 - JH
いろいろなやり方があるでしょうが、類似の構造(この場合は6回膜貫通構造)を持つが結合しないことが分かっている蛋白とループ領域を交換したキメラ蛋白質を作るのが、比較的安全な方法だと思います。

(無題) 削除/引用
No.371-3 - 2011/05/08 (日) 12:58:24 - あ
逆に、ループだけを発現させてはどうでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.371-2 - 2011/05/08 (日) 07:14:41 - おお
まずはトランケーションでやってみてはどうでしょうか。
膜貫通ドメインの直前でC末から削ってそれぞれの膜貫通ドメインにたいしてトランケーションミュータントをつくるとか。

1ヶ所のループだけで結合している場合はそれで何とかなりそうな気がします。
ループの膜に近いところは電荷などでトポロジーを決めていることが多いようなので何処からどこまでいじれるかも問題になってきます。

複数回膜貫通ドメインタンパク質のループのデリーション 削除/引用
No.371-1 - 2011/05/07 (土) 19:26:55 - LLL
現在、6回膜貫通型タンパク質の解析を行っております。
このタンパク質と結合するタンパク質(細胞質タンパク質)を発見し、その結合ドメインを決定しようとしています。

少なくともN末、C末をほぼ完全に欠損させても結合はできていることから、膜貫通ドメイン間のループ部分で結合していると考えております。
そのためループ部分のデリーションを行いたいと思っているのですが、デリーション部分によってはその前後の膜貫通ドメインが膜に挿入されなくなってしまうような影響を与えてしまうのではと思っております。

膜貫通ドメイン間のループをデリーションする場合、代わりに挿入したほうがよい代わりのループ配列などがあるのでしょうか?また貫通ドメインから数アミノ酸はデリーションしてはいけないなどあるのでしょうか?

よろしくお願いします。

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