BioTechnicalフォーラム [マイクロアレイ解析外注]

マイクロアレイ解析外注

No.393-TOPIC - 2011/05/13 (金) 13:39:26 - Hiro

いつも御世話になっております。
ヒト培養細胞にある刺激をした場合のRNA発現プロファイル比較を行いたく、マイクロアレイ解析の外注を検討しております。
つきましては、おすすめの外注会社などありましたらお教えいただければ幸いです。

ラボで行ったアレイデータを扱ったことはあるのですが、ラボ移動＆新規研究に伴い、自分で外注を行うこととなり、ご質問させていただいた次第です。
受け取るデータの見やすさなどなんでもけっこうですので、コメントいただければ幸いです。
宜しくお願い申し上げます。
　

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ありがとうございました

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No.393-7 - 2011/05/30 (月) 13:06:20 - Hiro

皆様ありがとうございました。
最初、皆様があげてくださったアフィメトリクスの外注を考えていたのですが、emaさんのメッセージにも入っていたFilgen (Codelink)へ問い合わせを行いまして、アフィメトリクスと比較して下記のような特徴があると回答を受けました。

Affymetrixのアレイは、アレイ上でオリゴDNAを合成。
CodeLinkは、合成オリゴDNAをインクジェットでスポッティング。
CodeLinkは、設計通りに全鎖が合成されたオリゴDNAを搭載。
Affymetrixの場合、設計よりも短い鎖長のプローブが多数混在。これが非特異的な結合の可能性となる。
Affymetrixの場合、プローブの鎖長が短いため、低発現域のデータが抜けてしまう欠点あり。
CodeLinkは低発現域も検出できる。
Affymetrixの場合、スポットに抜けがあっても、わかりませんが、CodeLinkの場合は、全スポットについて品質チェックを行っており、全スポットの品質情報がついてきます。

一方的にこれだけを載せるのはあまりフェアではないと思われますが、とりあえず情報として投稿いたします。

皆様、情報＆御提案、ありがとうございました。

アレイの会社と受託の会社

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No.393-6 - 2011/05/16 (月) 18:29:52 - ema

アレイは現時点での本体のメジャー所はAffymetrix,Agilent,イルミナ、東レ、ロシュなどのメーカーです。
東レ、ロシュは自社での受託部門があります。AffyとAgilent、イルミナは提携している受託会社（HPの公式プロバイダーで載ってます）が色々あり、自社では（研究部門はあるので共同研究だと受け入れている事例がありますが特殊です）やってません。
他の人も行ってたTAKARA,Filgen、三菱、北海道システムサイエンス、モリテックス、、、各社色々あります、、、まず”アレイ”を決めて、それを行っている受託会社を決めないと、、、選択の余地がありすぎて大変です。
解析ソフトが所属機関にあり、使用できるなら単にデータ出しとしてどこをえらんでもそう変わらないのですが、でなければ簡易解析ソフトを貰えるとこにするとか、解析受託も併設しているとこがお勧めです。他の特徴的なというと北海道システムサイエンスはアジレントの４×４４K、８×６０Kの相乗り依頼を出してる珍しいシステムとか、かな。

(無題)

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No.393-5 - 2011/05/16 (月) 18:10:08 - いろは

東レもやってましたよ
http://www.3d-gene.com/index.html

(無題)

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No.393-4 - 2011/05/16 (月) 13:35:30 - fire

タカラがやっていますよ

http://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/

(無題)

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No.393-3 - 2011/05/13 (金) 15:33:11 - ~

ラボで頼んだことがあるのがアフィメトリクスしかありません。

受託会社に声をかければ、見積とサンプルレポートがもらえるのではないでしょうか。