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qRT-PCRのスタンダード トピック削除
No.414-TOPIC - 2011/05/20 (金) 11:25:25 - 波平
qRT-PCRの初心者です.
RNAのコピー数を絶対定量で決定したいと思っています.
この時スタンダードRNAのコピー数を10倍毎に振りたいと思っているのですが,
どの様なコピー数の範囲でふるのがよいのでしょうか?
ご教示お願い致します.
むろんRTの効率なども影響するとは思いますが.

一応10〜10の7乗程度のRNAコピーをスタンダードにおきたいと思っています.
サイクルは40サイクルで行う予定です.
 
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ンンノさんに同意 削除/引用
No.414-5 - 2011/05/26 (木) 11:20:53 - mom-a
10の10乗くらいまではOKだったと思いますが、私は大抵の場合、下は10の2〜4乗、上は7か8乗あたりでやっています。

>大まかな最大コピー数はありそうな気がするのですが

そうですね、あまりにも立ちあがりが早いと安定したベースラインがとれなかったりもするかもしれませんね。でも、上記の条件で大抵は問題ないと思います。

(無題) 削除/引用
No.414-4 - 2011/05/24 (火) 17:10:00 - ンンノ
10の10乗くらいまでは問題ないと思いますが、そんなに発現レベルの高い
遺伝子は殆どないと思いますよ。
定量PCRに関して検量線がブレたり、ヘタったりするのはピペッティングの誤
差とチューブ等への核酸の吸着によるロスです。

(無題) 削除/引用
No.414-3 - 2011/05/23 (月) 19:26:32 - 波平
ご返答ありがとうございます.
例えば,うまく増幅するDNAのqPCRの場合において検量線は,どの程度のコピー数(最大数)までだいたい直線にのるのでしょうか.
やってみないと分からないし,機種によるとは思いますが.
大まかな最大コピー数はありそうな気がするのですが.

(無題) 削除/引用
No.414-2 - 2011/05/20 (金) 13:45:55 - おお
実際に測定するサンプルの中のコピー数をカバーしないと意味がないと思いますけど。。。ピペッティングでぶれない程度に低いところか直線性に問題がない所まで上げてみて、実験系が働く範囲を見極めて、それでサンプルがその範囲内に来るように考えるのがいいのでは。。。

見ようと思っているRNAによっても期待するコピー数は変わってきますよ。

qRT-PCRのスタンダード 削除/引用
No.414-1 - 2011/05/20 (金) 11:25:25 - 波平
qRT-PCRの初心者です.
RNAのコピー数を絶対定量で決定したいと思っています.
この時スタンダードRNAのコピー数を10倍毎に振りたいと思っているのですが,
どの様なコピー数の範囲でふるのがよいのでしょうか?
ご教示お願い致します.
むろんRTの効率なども影響するとは思いますが.

一応10〜10の7乗程度のRNAコピーをスタンダードにおきたいと思っています.
サイクルは40サイクルで行う予定です.

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