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PCR中のサンプルのロス トピック削除
No.439-TOPIC - 2011/05/25 (水) 07:16:27 - AI
いつもお世話になっています。

PCRについて質問があります。

原因は分からないのですが、PCRをかけていると、サンプルが蒸発してしまうのか、PCRにかけた後の液量がPCRにかける前の液量より減ってしまうことがあります。

たとえば10µlの液量だったのがPCR後には5µlになるというような具合です。

この液量の低下はすべてのサンプルにおこるのではなく、また常に起こるのではなく、時々、ある一部のサンプルに起こります。

ふたもきっちりしていますし、ほとんどのサンプルは液量が失われることはそうないのですが、ある一部のサンプルにおこるこの液量低下の原因が分からず、解決できないでいます。

もし、どなたかなにか思い当たることがありましたら、ご意見いただければ嬉しいです。

よろしくお願いします。
 
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回答ありがとうございます。 削除/引用
No.439-6 - 2011/05/26 (木) 04:05:40 - AI
早々のご回答ありがとうございます。

ふたは加熱できるタイプで、100度にしているので特に問題はありません。
PCR後、遠心してもやはり液量はすくなくなったままなので、実際に蒸発してチューブの外にでているのだと思います。

皆さんの回答を読んでいて、思い当たったのはチューブの変形です。
PCRの装置のふたをしっかり閉めようとして逆に強く閉めすぎていたのかもしれません。
実際にPCRチューブのふたの部分がつぶれていたこともありました。

次回からはあまりふたをきつくしめすぎずに様子をみてみます。
もしそれでも解決できないならミネラルオイルを考えてみます。

回答してくださった皆様、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.439-5 - 2011/05/25 (水) 14:47:40 - ~
まずは冷ましてから遠心することで、
1.チューブ内にあるが上のほうに来ている
2.チューブ内に存在しない
は切り分けられますよね。

1であればheat lidの存在や具合を確認し、2であればチューブの変更やミネラルオイルの重層、heat lidの閉め具合などを確認してはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.439-4 - 2011/05/25 (水) 14:33:44 - おお
一番考えれるのはチューブの変形でしょうね。取り出したあと変形してなくてもかけている時歪んでいるかもしれません。

あとPCRマシーンのチューブの上をカバーするところが100度位になるのはご存じともいますが(そうでない機種も昔ありましたけどいまはほとんどないとおもいます)、そのカバーが調子が悪くって100度にならないなら、水滴が上の方についてたりして溶液が減っているように見えるかもしれません。

どうも原因がつかめないなら、ミネラルオイル重層で難を逃れるという手も(すでに指摘されていますが)あるにはあります。PCRはかかってるんですよね?

(無題) 削除/引用
No.439-3 - 2011/05/25 (水) 10:50:57 - ンンノ
終了後も蓋がしっかりしてることはないと思いますが。

ヒートリッドで抑える力が強すぎると、チューブと蓋が変形して蒸発する
ことがよくあります。調節できるタイプのPCR装置なら加減して、そうで
なければチューブのメーカーを変えるか、ミネラルオイルを重層するか。

(無題) 削除/引用
No.439-2 - 2011/05/25 (水) 09:57:55 - まっくろん
 確認ですが、お使いのサーマルサイクラーは蓋を加熱出来るタイプですか(最近のはほとんど出来ると思いますが)?蓋が加熱してないとサンプルが蒸発しちゃうことがあると思います。
 また蒸発を防ぐために、サンプルの上からミネラルオイルを重層させる人もいますよね。「いくつかのサンプルだけ」「時々」起こるということですので、少し手間ですが、試してみてはいかがでしょうか?それでも液量が減るのであれば、他の原因(チューブの欠陥など)を疑った方がよいと思います。

 

PCR中のサンプルのロス 削除/引用
No.439-1 - 2011/05/25 (水) 07:16:27 - AI
いつもお世話になっています。

PCRについて質問があります。

原因は分からないのですが、PCRをかけていると、サンプルが蒸発してしまうのか、PCRにかけた後の液量がPCRにかける前の液量より減ってしまうことがあります。

たとえば10µlの液量だったのがPCR後には5µlになるというような具合です。

この液量の低下はすべてのサンプルにおこるのではなく、また常に起こるのではなく、時々、ある一部のサンプルに起こります。

ふたもきっちりしていますし、ほとんどのサンプルは液量が失われることはそうないのですが、ある一部のサンプルにおこるこの液量低下の原因が分からず、解決できないでいます。

もし、どなたかなにか思い当たることがありましたら、ご意見いただければ嬉しいです。

よろしくお願いします。

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