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核酸(プラスミドDNA)のコピー数の計算方法 トピック削除
No.792-TOPIC - 2011/08/18 (木) 18:57:58 - コム
核酸のコピー数の求め方についてお尋ねします。

リアルタイムPCRを用いて目的遺伝子の定量(コピー数)を調べようとしています。
絶対定量で求めたいのですが、標準曲線で用いるDNAは自分でクローニングを行いました。
その際、どのような計算式で求めればクローニングしたDNAのコピー数が分かりますでしょうか?

ある文献には、
濃度 (pmol/µl)=A260 ×100/1.5NA +0.71NC + 1.20NG +0.84NT
コピー数(copies/ml)=アボガドロ数×濃度(mol/µl)

と記されていますが、どうしてこのような式になるのかが理解できません。

またネットで調べたところ、
コピー数(コピー/μl)=A/B×6.02×10^14
A=吸光度から求めた核酸の濃度(ng/μl)
B=核酸の分子量
(分子量はDNA 1bp=660、RNA 1b=330(近似値)を用います)

といった記載のものもありますが、アボガドロ数が^14になっているのかも分かりません。

テキストをみても、「既知のサンプル(コピー数が分かっているもの)を使用して標準線を得る」ことしか書いておらず、困り果てている状況です。核酸実験初心者で、初歩的な質問をしているかもしれませんが、どなたか教えていただけないでしょうか?

どうぞよろしくお願いいたします。
 
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モル吸光係数 削除/引用
No.792-9 - 2011/08/22 (月) 07:20:05 - mon
七志さんの補足です。
「モル吸光係数」がわかれば、吸光度からモル濃度が計算できます。NはA・T・G・CのそれぞれのDNA中の個数(二重鎖、ただし係数によっては一本鎖)なのはおわかりだと思いますが念のため。

(無題) 削除/引用
No.792-8 - 2011/08/21 (日) 10:55:33 - こ
コム様へ
多分、ナデシコ組様は、「計算問題」ではなく「算数の問題」と言いたかったのだと思いますよ。
分子数の計算ですので文献を見る前に自分で導出できるんじゃないかとの考えではないでしょうか?
ある程度導出した後に文献を見れば理解が進むと考えておられるんだと思います。
七志様へ
>まともに答える気がなければ
多分、ナデシコ組様はアドバイスしたかったのですが良いヒントが思いつかなかったんですよ。
小言幸兵衛様へ
すぐ近くで見ている人ならばともかく、どのレベルか分からない方から「そもそも実験の全てが信頼できません」と言われて、
言われた方が、どのレベルかのスタンダードか理解できる可能性は低いんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.792-7 - 2011/08/20 (土) 10:40:22 - なでしこ組

> 式に数値をあてはめるだけなら
> どうしてこのような式が成立するのか、その原理を理解したく

突っ込みどころ満載やな。
研究者には謙虚さと素直さが大事じゃよ。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.792-6 - 2011/08/19 (金) 14:08:55 - コム
七志様

ご丁寧な回答ありがとうございました。

式に数値をあてはめるだけなら、確かに小学生の算数レベルです。
私が知りたかったのはどうしてこのような式が成立するのか、その原理を理解したく質問させていただきました。

皆さまご指摘ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.792-5 - 2011/08/19 (金) 09:03:44 - 小言幸兵衛
その質問がどのレベルかのスタンダードを示すことも、初学者に対しては有用だと思います。

(無題) 削除/引用
No.792-4 - 2011/08/18 (木) 23:45:06 - 七志
私はこの手の実験はしたことはありませんが、計算式から大体推測できると思います。
A260、つまり260nmの吸光度が核酸濃度(重量/体積)に比例するとすれば、最初の式から出るものは、“モル/体積”なのですからA260に続く部分は“モル/重量
”つまり“重量/モル(モル当たり重量=分子量;)”に対応する数の逆数ということになります。重量/分子量でモル数が出るというのは分かりますね? 分母の4つの項が4種類の塩基A・C・G・Tに対応してることに注目すれば、これらの数字が分子量を反映することは分かると思います。あとは色々な条件から係数を決めると最初の式になるということでしょう。2つ目の式はモルと分子数の関係から自明だと思います。
3つ目はアボガドロ数の10の累乗部分は“g/L”の単位系で成り立つものだと理解してれば、“ng(10^(-9)g)”の単位系ではどのような数字になるかは自明だと思います。

それと、前から思ってたのですが、まともに答える気がなければ無理に答える必要はないのではないでしょうか? 
誰もが愚問だと思えばレスがつかなくて勝手に落ちていくでしょうし…

(無題) 削除/引用
No.792-3 - 2011/08/18 (木) 23:14:33 - こむ
A[ng/microliter]/(B[g/mole])*6.02*10^23[個/mole]
=A[ng/microliter]*(1/B)[mole/g]*6.02*10^23[個/mole]
=A/B*6.02*10^23[ng/microliter*mole/g*個/mole]
=A/B*6.02*10^23[10^(-9)g/microliter*mole/g*個/mole]
=A/B*6.02*10^23[10^(-9)/microliter*個]
=A/B*6.02*10^23*10^(-9)[個/microliter]
=A/B*6.02*10^14[個/microliter]

(無題) 削除/引用
No.792-2 - 2011/08/18 (木) 21:40:46 - ナデシコ組
核酸実験初心者だとか、文献とかネットとか関係なく、
単なる算数の計算問題として自分で出せばいいんんです。
これが分からない人のやったことなんて、そもそも実験の全てが信頼できません。

核酸(プラスミドDNA)のコピー数の計算方法 削除/引用
No.792-1 - 2011/08/18 (木) 18:57:58 - コム
核酸のコピー数の求め方についてお尋ねします。

リアルタイムPCRを用いて目的遺伝子の定量(コピー数)を調べようとしています。
絶対定量で求めたいのですが、標準曲線で用いるDNAは自分でクローニングを行いました。
その際、どのような計算式で求めればクローニングしたDNAのコピー数が分かりますでしょうか?

ある文献には、
濃度 (pmol/µl)=A260 ×100/1.5NA +0.71NC + 1.20NG +0.84NT
コピー数(copies/ml)=アボガドロ数×濃度(mol/µl)

と記されていますが、どうしてこのような式になるのかが理解できません。

またネットで調べたところ、
コピー数(コピー/μl)=A/B×6.02×10^14
A=吸光度から求めた核酸の濃度(ng/μl)
B=核酸の分子量
(分子量はDNA 1bp=660、RNA 1b=330(近似値)を用います)

といった記載のものもありますが、アボガドロ数が^14になっているのかも分かりません。

テキストをみても、「既知のサンプル(コピー数が分かっているもの)を使用して標準線を得る」ことしか書いておらず、困り果てている状況です。核酸実験初心者で、初歩的な質問をしているかもしれませんが、どなたか教えていただけないでしょうか?

どうぞよろしくお願いいたします。

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