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プラスミド精製でのイソプロ沈 トピック削除
No.937-TOPIC - 2011/09/17 (土) 16:53:48 - 学生
いつもお世話になっています。

今回、プラスミドの精製について質問させていただきたいと思います。

ラボではプラスミドの精製でキット(Nucleobond Xtra midi)を用いでいます。
最後の過程でイソプロ沈があるんですが、この過程で失敗してしまいました。

イソプロ沈の過程は
イソプロを加えた後、2 min静置し、遠心。
遠心前に、Sample間のバランスを合わせるのにイソプロを後入れました。

普段は、バランスをあわせた後そのまま遠心にかけるんですが
今回は、インバートをしてから遠心にかけました。

すると、インバートしたSampleに関してだけペレットが出てこず
再度vortex、静置、遠心を行ったのですがだめでした。


イソプロ沈の時、静置の後は攪拌したりしない方がいいのでしょうか?


基本的な質問ですがお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.937-5 - 2011/09/20 (火) 06:40:44 - ab
説明書読みましたか?
All NucleoBond Xtra eluates already contain enough salt for an isopropanol precipitation of DNA. Therefore the precipitation is started by directly adding 0.7 volumes of isopropanol. To prevent co-precipitation of salt, use room-temperature (18–25°C) isopropanol only and do not let the plasmid DNA solution drop into a vial with isopropanol but add isopropanol to the final eluate and mix immediately.

普通は、規定量で溶出して規定量のイソプロを入れて遠心するだけで、バランスをあわせる必要はないのですが。
普段混ぜてから遠心していますが、ゆっくり混ぜれていれば、このステップの問題ではないです。

(無題) 削除/引用
No.937-4 - 2011/09/17 (土) 23:34:19 - シルバー
>あべちゃん
何か誤解をされているような?

DNAが切れるほど撹拌したらどうかわかりませんが、
その程度撹拌しても全く問題ないと思います。
記載の内容だけをみれば、それでDNAが取れなかったんだとしたら、
プラスミドが増えていなかったんじゃないかと思います。

そもそも、ペレットが見えないからと言ってDNAが取れてないとも
限らないと思いますが、DNA量は確認しましたか?

(無題) 削除/引用
No.937-3 - 2011/09/17 (土) 21:10:10 - あべちゃん
量にもよりますが、極端に多くのイソプロを入れると、やっぱりまずいと思います。
塩濃度も変わってくると思いますし。

わたしだったらバランスを合わせるために、水などを別のチューブ(サンプルの入っていない)にいれて、それをバランスにします。

(無題) 削除/引用
No.937-2 - 2011/09/17 (土) 17:15:39 - ats
全く問題ないです。それ以外の原因だと思います。DNA濃度が薄いなら遠心を強く長くしてみるとか、イソプロ入れて数時間放置してみるとか。
なお、これくらい操作で疑問に思ったら、実験してみたら?また「インバート」は、「転倒混和」ですね。

プラスミド精製でのイソプロ沈 削除/引用
No.937-1 - 2011/09/17 (土) 16:53:48 - 学生
いつもお世話になっています。

今回、プラスミドの精製について質問させていただきたいと思います。

ラボではプラスミドの精製でキット(Nucleobond Xtra midi)を用いでいます。
最後の過程でイソプロ沈があるんですが、この過程で失敗してしまいました。

イソプロ沈の過程は
イソプロを加えた後、2 min静置し、遠心。
遠心前に、Sample間のバランスを合わせるのにイソプロを後入れました。

普段は、バランスをあわせた後そのまま遠心にかけるんですが
今回は、インバートをしてから遠心にかけました。

すると、インバートしたSampleに関してだけペレットが出てこず
再度vortex、静置、遠心を行ったのですがだめでした。


イソプロ沈の時、静置の後は攪拌したりしない方がいいのでしょうか?


基本的な質問ですがお願いします。

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