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(無題) 削除/引用 No.10074-4 - 2021/11/30 (火) 16:54:33 - WInter-8 >PDB 上では「鎖名」として各サブユニットに Aa などの名前が割り振られていますが、PyMOL の画面上に出てくる A/Az などとは対応していないようです。 これは一致していると思うのですが...もしかしたら、見ている部分が違うかもしれません。 念のために、以下の方法で確認してみてください。 1. ダウンロードしたmmcifファイルをテキスト形式で開いて、目的のサブユニットのIDを探してください。 IDは _entity_poly.pdbx_strand_id という項目です。A, B, ... Aaなどが割り振られていると思います。 2. PyMol上で select test, /*//A というコマンドを打つと、chain Aがtestとして選択されると思います。 同様の方法でAの代わりに目的のサブユニットのIDを入れてみてください。 いかがでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.10074-3 - 2021/11/30 (火) 15:58:57 - PDB WInter-8様 ありがとうございます。おかげさまでかなりのことができるようになりました。特定のサブユニットがどこにあるかの検索方法をご存知でしょうか。 PDB 上では「鎖名」として各サブユニットに Aa などの名前が割り振られていますが、PyMOL の画面上に出てくる A/Az などとは対応していないようです。また、特定のサブユニット内の適当なアミノ酸配列で検索しても引っかかりません。 ちなみにヒトリボソームの PDB ID は 4V6W です。

(無題) 削除/引用 No.10074-2 - 2021/11/30 (火) 10:17:22 - WInter-8 PDB上でviewerがあります（PDBjのMolmillなど）が、操作性に難ありです。PDBx/mmCIF形式あるいはPDB形式のファイルをダウンロードして、PyMolなどで表示するのが簡単だと思います。 PyMolの使い方については、動画であれば、 https://togotv.dbcls.jp/en/20200312.html 少し古いけど日本語のマニュアルなら、 http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/operation.php トピ主がやりたいことはここまでチェックすれば十分だと思います。 より詳細が知りたいなら、PymolWikiをチェックしてみてください。

Protein Data Bank (PDB) の使い方 削除/引用 No.10074-1 - 2021/11/30 (火) 09:09:06 - PDB Protein Data Bank (PDB) でヒトの80S リボソームを描出させ、、、 �@特定のスモールサブユニットがどこにあるかハイライトすることが可能でしょうか。 �A２個のスモールサブユニットを同時にハイライトすることが可能でしょうか �Bどうやれば良いかを説明している YouTube かウェブページを紹介して頂けないでしょうか

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