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(無題) 削除/引用 No.10149-7 - 2022/01/11 (火) 20:12:26 - あの 調べたい遺伝子が少数だったら、 (数十とか数百の遺伝子のリストを使った検索ではなくて) Pubmed で、 　　その遺伝子のフルネームの前後を　”でかこって、 　　スペース 　　pathway で検索すると、下流は調べられる。印刷中の最新のまで。 IPAとかでも、論文発表されてから、IPA社のスタッフによって 選抜されたのが、時間差をもって掲載されるだけだから過信しない方が良い と考えてます。 そういえば、 数年前には、全くデータのアップデートが無くて大問題になった データベースもあったっけ。 ということで、面倒でも、自分で探すことも必要と考えてます。

(無題) 削除/引用 No.10149-6 - 2022/01/11 (火) 19:58:51 - ごんごん 色々なご意見、大変参考になります！ 不勉強で申し訳ないのですが、皆様はあまりこの様なサイトでシグナルを調べたりはしないのでしょうか？ 目標とする分子の周辺があまり明らかになっていないので、少しでも関係ありそうなシグナルを探すために経路をまとめている所を探していました。 この様な調べ方は非効率的なのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.10149-5 - 2022/01/08 (土) 09:02:04 - びー 検索データベースではないですが、ロシュのパスウェイポスターを思い出しました。 ウェブでもみれます。マップ1がケミカルパスウェイで、マップ2がセル＆モレキュラー。 http://biochemical-pathways.com/#/map/2 # 文字検索はできるようです。情報少し古いかもです。 かつて研究室の壁に貼ってあって時々眺めて楽しんでいました。 質問の内容とはちょっと違いますが、学生さんたちが全体を把握するのに参考になりそうと思いましてご紹介です。

(無題) 削除/引用 No.10149-4 - 2022/01/06 (木) 17:11:21 - あの 有料ですが、RNAseqした時には、これを使って調べてみることにしています。 IPA https://www.digital-biology.co.jp/allianced/products/ipa/ ただし、人類が全てのパスウェイを解明しつくしてる訳ではないのだなー と感じことは多々あります。

(無題) 削除/引用 No.10149-3 - 2022/01/06 (木) 01:16:56 - おお https://string-db.org/ いろいろなInteraction（物理的な相互作用だけじゃない）からタンパクのネットワークを見ることができます。Interactomeの他のデーターベースなども使えるかもしれません。またGO termのようなカテゴリーからそこにある遺伝子を見ていくのもありかもしれません。 とは言っても論文が膨大といっても１０００ぐらいとかならなんとか対処できると思いますし、そんな完璧なシグナル伝達系を書いたようなものがあるんですかねぇ。

(無題) 削除/引用 No.10149-2 - 2022/01/05 (水) 11:01:21 - s KEGGではだめですか。もっといいのがあるなら自分も知りたい。

シグナル伝達経路の検索 削除/引用 No.10149-1 - 2022/01/05 (水) 10:09:00 - ごんごん いつも勉強させていただいております。 現在、ある標的分子の上流と下流にはどのような分子があるか調べています。 しかし、論文一つ一つで探すと莫大な数ですし、まとまって記載している所が無くて困っています。 CSTやabcamなどが簡易的にまとめてくれてはいますが、やはりこれも一部です。 そこでお伺いしたいのですが、特定の分子に関与しているシグナル伝達経路や分子をまとめて検索できるようなデータベースのようなものは無いのでしょうか？ 学生でも無料で使用できるところであると非常に助かります。 よろしくお願い致します。

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