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Agilent probe IDの変換 トピック削除
No.10223-TOPIC - 2022/02/03 (木) 03:51:00 - RNA解析初心者
NCBIで公開されている、RNAマイクロアレイのデータを解析しなければなりません。Agilent Whole Human Genome 4x44kのデータで、IDがagilent probe IDとなっており、遺伝子名ではありません。自分の持っている複数の遺伝子（100個くらい）を探したいのですが、一度に変換するにはどのようにしたらよいか、ご教示いただけないでしょうか。
DAVIDでは一度に50個程度までしかできませんでした。
RのBioconductorをインストールして、スクリプトをインターネットで検索しながら書いてみましたが、うまく書けません。
どうぞよろしくお願いいたします。
　
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(無題) 削除/引用
No.10223-3 - 2022/02/03 (木) 12:13:19 - おお
DAVIDでもっと多い数を変換したことがあったようなきがするけどね。。。50個で制限も受けられたらEnrichmentとか解析できない事もあるだろうし、

(無題) 削除/引用
No.10223-2 - 2022/02/03 (木) 10:16:21 - s
DAVIDに数の制限ってあったかな。probe IDとgene symbolの対応表自体はagilentのページで公開されてます。

https://earray.chem.agilent.com/earray/catalogGeneLists.do?action=displaylist

得意なスクリプト言語があるならそれで書けばいいし、エクセルのvlookup関数使ってもできると思う。gene symbolのリストがあって、それが含まれている行を出力したいだけなら、grep一行。

Agilent probe IDの変換 削除/引用
No.10223-1 - 2022/02/03 (木) 03:51:00 - RNA解析初心者
NCBIで公開されている、RNAマイクロアレイのデータを解析しなければなりません。Agilent Whole Human Genome 4x44kのデータで、IDがagilent probe IDとなっており、遺伝子名ではありません。自分の持っている複数の遺伝子（100個くらい）を探したいのですが、一度に変換するにはどのようにしたらよいか、ご教示いただけないでしょうか。
DAVIDでは一度に50個程度までしかできませんでした。
RのBioconductorをインストールして、スクリプトをインターネットで検索しながら書いてみましたが、うまく書けません。
どうぞよろしくお願いいたします。
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