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(無題) 削除/引用 No.1074-9 - 2012/11/03 (土) 14:13:56 - in+situ ちょっとおっしゃっていることが理解できないのですが、一つずつ確認させてください。 >ddCtだと、比べる群の一つの値が全部1になっちゃいません？計算の仕方にもよるか。 これは、ddCt法を誤解されているように思います。 ddCt法は、二つの異なる遺伝子（例えば遺伝子Aとβactin）のCt値を引き算して（ddCt）2をddCt乗したものを相対的遺伝子発現量と考えるやり方です。 どのように計算しても一つの値が全部1になることはありません。 >それにね、dCtだと取りうる値がマイナス側にもプラス側にも広がるわけです。がそれをddCtに変換するとマイナス側のデータがすべてプラス側に変換されてしまいますよね。要するに、もとの分布型から大幅にずれてしまう。 >正規分布も仮定できないでしょう。 dCtだとマイナスにもプラスにも広がるというのは何を指しているのかわからないのですが、ddCtに変換したところで、平均値と分散は出ますし、ひとつの群で見たらほぼ正規分布と仮定していい分布になると思います。 いくつかの群をまとめて正規分布にならないというのはそもそも誤りです。

(無題) 削除/引用 No.1074-8 - 2012/11/03 (土) 13:35:44 - ハルナ ddCtだと、比べる群の一つの値が全部1になっちゃいません？計算の仕方にもよるか。 それにね、dCtだと取りうる値がマイナス側にもプラス側にも広がるわけです。がそれをddCtに変換するとマイナス側のデータがすべてプラス側に変換されてしまいますよね。要するに、もとの分布型から大幅にずれてしまう。 正規分布も仮定できないでしょう。 これでは以降の統計検定を行う上でまずいというわけです。

(無題) 削除/引用 No.1074-7 - 2012/11/02 (金) 18:07:05 - R KEN様 >Referenceで発現量がバラついていないものを確認して選んだ。 これがないと確かにバイアスが考えられるとは思います。 >リバイスで書いておけば、良いんじゃない？と思いますが、 リジェクトだったので、、、。 この時のレフェリーは、リファレンスジーンでの補正が、 何故かnested-PCRということになってましたけど。 他にも、プライマー配列の記載だけでは不十分で、 プライマーの位置の図も必要とか、、、。

(無題) 削除/引用 No.1074-6 - 2012/11/02 (金) 17:12:14 - KEN Referenceジーンは、組織ごとでの発現量のばらつきはよく言われますが、同一組織における比較でしょうか？ Referenceで発現量がバラついていないものを確認して選んだ。同一臓器だし問題ないと引用文献付きでリバイスで書いておけば、良いんじゃない？と思いますが、駄目なんですかね。。。 どなたかわかる方、ご教授下さい。

(無題) 削除/引用 No.1074-5 - 2012/11/02 (金) 17:03:22 - R 検量線を用いたけど、リファレンスジーンでの補正は、 バイアスがかかるとレフェリーにダメ出しされました。 ただ、ダメと言うだけで代替法は示してくれませんでした。

(無題) 削除/引用 No.1074-4 - 2012/11/02 (金) 16:47:50 - KEN �刧僂tで遺伝子発現を比較するのはよくないと、昔からよく言われていますよね。 実際、検量線法の方が正確ですし。 まあ、実際に�刧僂tで論文を出しちゃったこともありますが、量が多いと面倒ですし、ターゲット遺伝子と内在性コントロール遺伝子のPCR効率が等しいということをきちんと予備実験で示せていればよいのではないかと個人的には思っています。 n=6程度なら、検量線法でやった方が良いのでは？と思ったりします。

(無題) 削除/引用 No.1074-3 - 2012/11/02 (金) 13:20:32 - in situ >まずddCtレベルで検定をするのは危ないです。 >dCtレベルで行うべきだと思います。 この部分について、なぜddCtレベルで検定するべきでないのか、というのがピンとこないので、根拠を教えていただけないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1074-2 - 2012/11/02 (金) 11:19:08 - ハルナ まずddCtレベルで検定をするのは危ないです。 dCtレベルで行うべきだと思います。 いくつかの要因があると思いますが、多重比較の場合は A vs B,B vs C,C vs Aと検定を3回繰り返してます。 なのでp値を補正する必要がでてきます。Tukey法はそれを行ってます。 単純にt-testでするのならば得られたP値を3倍してみて（ボンフェローニ補正）、それでもp＜0.05になるかどうか確認してみてください。 あとですね、ANOVA+Tukey法を使う場合、「データが正規分布に従っている」という前提条件をクリアする必要があります。こちらもANOVA+Tukey法をかける前に検定しておく必要があります。 もしダメならノンパラメトリックな分散分析を使う必要があります。 でも3群間でn=6だと直観的に厳しそうですが。

mRNA相対量の有意差検定について 削除/引用 No.1074-1 - 2012/10/30 (火) 14:53:28 - Tukey �刧僂t法を用いてmRNA発現量をみています。 今、下記に示しますような、Ａ群からC群の3群のmRNAの相対量のデータがあります。各群n=6で、A群の相対量を1としています。 相対量 　SE A 1.000 ± 0.155 B 0.539 ± 0.057 C 2.650 ± 0.470 これをTukey法で有意差検定した場合、A群とC群、B群とC群は有意差ありになるのですが、A群とB群で有意差がありません (p=0.5位です) 。 グラフを作ってみると、A群とB群でも有意差がありそうに見え、参考にA群とB群でt検定をするとp<0.05となり有意差があります。 対照群の値に対して値が大きい群と小さい群がある場合で多重比較検定をすると、対照群と値の小さい群では有

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