Bio Technical フォーラム

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ビーズを使用したDNA抽出 トピック削除
No.11749-TOPIC - 2023/08/31 (木) 18:36:57 - SK
こちら利用させていただきます。どうぞよろしくお願いいたします。

組織からDNAを抽出する際のDNA精製法として、カラムやフェノクロ等いろいろな方法があると思いますが、ビーズ精製はどこまで有効でしょうか?

一般的に、SPRI等のビーズ精製の場合、ある一定のサイズ(bp)範囲のものしか生成できないようなイメージなので、通常はPCR産物の精製&分画に使用するイメージなのですが、インタクトなゲノムを吸着&精製する方法としてのビーズ精製は一般的でしょうか?
またそのようなビーズ精製キットは一般的に販売されているでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.11749-6 - 2023/09/01 (金) 18:23:10 - SK
皆様

ggrksすればいろいろ出てきました。
特にベックマンのものはいろいろありそうです。

不勉強でした、申し訳ありません。
ありがとうございました。。。

(無題) 削除/引用
No.11749-5 - 2023/09/01 (金) 12:48:53 - 電車男
ggrksって次の意味ですが、、、
 https://internet.watch.impress.co.jp/docs/yajiuma/1272612.html

(無題) 削除/引用
No.11749-4 - 2023/09/01 (金) 12:14:06 - G25
その手の製品、普通に販売されてると思いますけど
https://www.beckman.jp/reagents/genomic/dna-isolation/from-tissue

だた、ビーズにしてもシリカカラムにしてもshearingの度合いが大きいのでintactとは程遠い、百kb以下、数十kb程度に断片化します。
最近はPCRベースの実験が多いので、それくらいに断片化していても問題ないんでしょうけど、傷の少ない高分子量のゲノムDNAを得るなら、緩やかなフェノール抽出などでやたほうがいい。

(無題) 削除/引用
No.11749-3 - 2023/09/01 (金) 02:08:56 - おお
>インタクトなゲノム
完全な切れてないゲノムを抽出するのは難しくって、一般に精製する方法は方法論に限らず100kbpぐらいのレンジを目指すことがたいていです。 HMW(High Molecular Weight)とうたわれているキットは大体そんな感じです(マグネティックビーズを使うキットも含まれてます)。


Mbpのレベルでインタクトな染色体をとりたいと考えるなら、Pulsed-fieldなどの解析をしている論文を参考にしてください。たしか酵素等でLysisしてそのまま流してしまっているのがたいていだと思います。

そういえば昔はファージのライブラリーようのゲノムを精製するのにLysis後、透析するというプロトコールがあったと思う。

(無題) 削除/引用
No.11749-2 - 2023/08/31 (木) 23:57:00 - 774R
使った経験はないけど、ggrksすればいっぱい出てきました。

検索ワード magnetic beads genomic dna extraction kit

ビーズを使用したDNA抽出 削除/引用
No.11749-1 - 2023/08/31 (木) 18:36:57 - SK
こちら利用させていただきます。どうぞよろしくお願いいたします。

組織からDNAを抽出する際のDNA精製法として、カラムやフェノクロ等いろいろな方法があると思いますが、ビーズ精製はどこまで有効でしょうか?

一般的に、SPRI等のビーズ精製の場合、ある一定のサイズ(bp)範囲のものしか生成できないようなイメージなので、通常はPCR産物の精製&分画に使用するイメージなのですが、インタクトなゲノムを吸着&精製する方法としてのビーズ精製は一般的でしょうか?
またそのようなビーズ精製キットは一般的に販売されているでしょうか?

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