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(無題) 削除/引用 No.12802-3 - 2025/02/03 (月) 12:53:38 - kan こんにちは、 基本的には「あの」さんの考え方に近く、自分が見たい現症を的確に評価できるようなgatingをすれば良いのだと思います。 後半の質問に関係するのですが、おそらくコントロール群と投与群で、 �@縦軸SSC-A、横軸FSC-AでDebrisを除去 をしようとした場合に群間である程度細胞分散程度が異なるscatterになるのではないかと推察いたします。 その変動をふまえてgatingを調整してみて、得られた細胞の特徴が見たいものを反映しているのであればそのようにすれば良いのではないでしょうか。 何かの分化誘導試薬などだとそういう変動をすることも多々あるかと。 参考になれば幸いです。

(無題) 削除/引用 No.12802-2 - 2025/01/29 (水) 15:47:33 - あの レスがつかないようなので、同一サンプルの経験はないですが、参考までに私見を少し。 よっぽど確立しているもの以外は、ゲート設定は、各自で検討して、エイヤと最後は決めるものだと思います。 もしセルソーターのように目的の細胞をとりだして、共焦点顕微鏡等で観察できるなら、目的細胞の分画と、それ以外の細胞の分画をそれぞれ観察することをおすすめします。 そうすると、 （１）ゲート設定が甘すぎると、目的細胞の分画に他の細胞が混在している比率が高くなるのを確認できます。 （２）逆にゲート設定が厳しすぎると、目的細胞の分画に他の細胞が混在している比率がゼロにできるけれども、得られる目的細胞数が小さくなるのを確認できます。 つまり、純度と細胞数の二つを天秤にかけて、エイヤと最後は決める世界なのだと理解できます。 それから既報によって違うのは、抗体や機器の違いなども影響していると思います。 幸運をお祈りします。

ゲーティングの手法について 削除/引用 No.12802-1 - 2025/01/25 (土) 03:39:55 - Obak 皆様こんにちは。 フローサイトメトリーにおけるゲーティングについて教えて下さい。 例えば、マウスの骨髄細胞をCD45、CD3、CD4、CD8aおよびLiveDeadで染色するとします。 論文検索したところ以下のgating strategyが見つかりました。 �@縦軸SSC-A、横軸FSC-AでDebrisを除去 �A縦軸FSC-H、横軸FSC-AでDoubletsを除去 �B縦軸LiveDead、横軸FSC-AでLive cellをゲーティング �C縦軸CD3、横軸CD45でCD3(+)、CD45(+)をゲーティング �D縦軸CD4、横軸CD8aにして十字型のゲートを使ってTh cellsやCTLsをゲーティング しかし一方で以下の方法もありました。 �@縦軸LiveDead、横軸SSC-AでLice cellをゲーティング �A縦軸FSC-H、横軸FSC-AでDoubletsを除去 �B縦軸SSC-A、横軸FSC-AでDebrisを除去し、さらにLymphocytesをゲーティング �C縦軸SSC-A、横軸CD3でCD3(+)をゲーティング �D縦軸CD4、横軸CD8aにして十字型のゲートを使ってTh cellsやCTLsをゲーティング これら2つを自分のデータで行うと、Live cellに対するTh cellsやCTLsの割合が全然違います(前者に比べて後者の方が細胞数が多いです)。単純にどちらのgating strategyが良いのでしょうか。論文検索するとたくさんのgating strategyが出てきますが、どれが良いとか見分け方はありますか？ またマウスに薬を投与した群とコントロール群の2群があったとき・・・ �@コントロール群で設定したゲートをそのまま投与群に適応する �Aコントロール群で設定したゲートとは別に投与群もゲートする 上記の�@をすると投与群のTh cellsがゲートから外れて0になります。でもそもそもTh cellsの集団がなくなっているように見え、�Aをしたくてもゲートができません。 いろいろな成書、論文を調べてみましたが、いまいち納得できる答えがありません。ご教示いただけますと幸いです。

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