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(無題) 削除/引用 No.12814-4 - 2025/02/03 (月) 09:01:07 - ねずみ wtのバンドサイズが大きくてmutantのバンドサイズが小さくて、その差が大きい場合（例えば800 bpと200 bpのような）、wtバンドが極端に薄くなることはあります。1組のプライマー（Fプライマー1つとRプライマー1つ、という意味）で同時検出の場合はより顕著です。また、粗精製のゲノムだと影響が出やすくなります。ふみさんご指摘のようにきちんと精製すると長い方も検出しやすくなります。

(無題) 削除/引用 No.12814-3 - 2025/02/02 (日) 10:08:46 - おお ぞうふくこうりつの違いとか、両者の反応の競合、いろいろな事が起こりうるので片方が見にくくなったりということはまあまああります。プライマーのデザインがよくわかりませんがみたいアレル特異的プライマーであれば、反応を別々にやっておくほうがベターな方がおおいです。 短い方法アンプリコンが見にくくなるなら伸長反応時間を短縮する、逆なら伸ばすというのもある程度効果的かもしれません。両者の反応の競合が問題ならサイクル数減らしてもいいのかもしれません。ゲノムのインプットがある程度以上多くなるとかかりにくくなるというのもあります。試行錯誤して解決するのかと言われれば未知数であることは否めませんが。 プライマーのデザインもいじれるパラメーターですね。

(無題) 削除/引用 No.12814-2 - 2025/01/31 (金) 22:32:38 - ふみ 同じキットではないですが似たような方法で複数回タイピングの結果が一致しないことが時折ありました。 複数回ずつタイピングして一致しなかったらやり直すしかないような気がします。 なんとなくですが、組織投入量が多すぎず少なすぎずを心がけると多少ましな気がします。 今は、ゲノムをきちんと精製する方法に乗り換えました。 精製したDNAは冷凍保存して何かの際には再タイピングできるようにしています。

マウスジェノタイピングで時折エラーが出る 削除/引用 No.12814-1 - 2025/01/31 (金) 07:53:18 - ken マウスジェノタイピングを行っているのですが、時折結果に誤りがあります。 実験方法は、KAPA genotying kitを使用していて、プロトコール通りです。 Protein digestionを行って、ごく一部をPCRに供するという方法です。 時折、Heteroなのに、Homoと判定されたりするのですが、こういったご経験のある方いますか。ほとんどのサンプルの結果は正しいですが。

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