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(無題) 削除/引用 No.12841-33 - 2025/03/10 (月) 10:46:03 - gdtm 100ウェルでやってもqPCRの正確性は増加しますが、サンプル調製まででも手技のブレは生じるので真実に近づけるとは限りません。 5ウェルやれば2σ以上は外したり、4dルールやQ検定したりすれば外れ値を棄却できます。 5ウェルで複数回やったほうが手技の安定性も見れていいのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.12841-32 - 2025/03/09 (日) 10:35:54 - ふみ No template controlに3ウェル使って、93ウェルでやってください。 プレートを増やしてやるよりも1プレートで93の方がよいです。

(無題) 削除/引用 No.12841-31 - 2025/03/08 (土) 21:36:26 - ええ 100ウェルでやってみようと思うのですが、いつも使っているプレートだと4ウェル足りません……。 どうしたらよいでしょうか？？

(無題) 削除/引用 No.12841-30 - 2025/03/04 (火) 04:00:00 - おお >だから言ってるじゃないですか？なぜとりぷりけっとか？自問自答したら答えは出ると。 ３ウェル使う意味＝ハズレ値を除く と言いたいのでしょう。 それだけではないのですよ。複数取って平均するというのは母集団の平均（あるいは真の値）の近似値をだすということです。すなわちWellを増やす（サンプリングの数をふやす）せば数値が正確になるということです。普段使っているような測定機器でも１回で測っているように見えて、実際機械の中で複数回測って平均をだして出力しているものもまあまああります。 たとえばCt値が２０、２０、２１.５と出た場合Grubbs' testで２１.５はハズレ値と認定されます。しかしながらこれくらいの違いなら全部を平均したほうがより本当の値に近い可能性が高いです。 いろいろ意見がでてますが、ハズレ値がでたら除こうという方向性でどうするかが議論されていることに気がついてください。

(無題) 削除/引用 No.12841-29 - 2025/02/27 (木) 21:45:42 - qq ＞スレ主さんが言う、「大幅に異なる結果」がテクニカルエラーと断定できたら、 そのために「100wellまで増やし、」たならば、実験系の分散が明らかになるので、 異常値を判断できるでしょうねと、誰かさんはいったのではないかな？ スレ主さんは、このトリプリケートでn=1のデータ（？）を得るつもりのようだから、 代表値だけがあれば良いはずです。 その代表値は統一的な方法で得る必要があるので異常値らしい値が一つあるときは 他２つの平均を使って、そうでないときは3つの平均を使うようなでは困ります。 そんなときはいつも、真ん中の値（中央値、median）を使うのがいいでしょうということです。 n2,n3を同様な方法で得て、n1,n2,n3（もう少し多いほうが良い）それを普通に平均と 標準偏差に計算すればいいんじゃない？ 皆さん簡単に異常値を排除すると仰っていますが、異常値排除は中々難しい問題を抱えていて、 有意差を出すときにギリギリ異常値を排除したり、最大値と最小値を排除し てしまうと、間違って有意差を出してしまうことになります。

(無題) 削除/引用 No.12841-28 - 2025/02/27 (木) 18:25:04 - う スレ主さんが言う、大幅に異なる結果」がテクニカルエラーと断定できたら、私も除くかもしれません、そこがはっきりしないんですよね。念の為。

(無題) 削除/引用 No.12841-27 - 2025/02/27 (木) 18:18:14 - 774R 特定ではないでしょう。ルールに沿って該当するウェルでしょう。

(無題) 削除/引用 No.12841-26 - 2025/02/27 (木) 18:11:41 - う 論文の場合、どこかにそう書きますか？ それとも書かずに特定のウエルだけ１つ除くのでしょうか

(無題) 削除/引用 No.12841-25 - 2025/02/27 (木) 15:46:54 - 774R 3wellあれば、2well共が同じ方向に同じだけズレる可能性は相当低い。 3点バラバラになる可能性のほうがまだ高いし、その時は失敗と諦めてやり直せば、間違った結論には至らない。

(無題) 削除/引用 No.12841-24 - 2025/02/27 (木) 15:45:14 - う それか、全ウエル、揃った２つで平均取るルールにするとか。 特定の植えるだけ２つ選ぶって危険じゃないですか。

(無題) 削除/引用 No.12841-23 - 2025/02/27 (木) 15:43:22 - う データをきれいにしたいがために揃た２回を選ぶってことわかるんですけど、２回の方が正しいんですかと思ったのです。３回の平均でエラーバーをつければいいのにと思うのです。もう一回やり直すとか。 ＞誰も区別できるなんて一言も言ってないと思いますが、なんでそんな疑問が湧いたのか興味深いです。

(無題) 削除/引用 No.12841-22 - 2025/02/27 (木) 11:52:00 - 774R 3wellあれば、2well共が同じ方向に同じだけズレる可能性は相当低い。 3点バラバラになる可能性のほうがまだ高いし、その時は失敗と諦めてやり直せば、間違った結論には至らない。

(無題) 削除/引用 No.12841-21 - 2025/02/27 (木) 10:32:36 - asan 特定の1つの結果だけを恣意的に選んでるのでなければ、実験全体のながれで一貫して結果が出てるのにあえて機械的に処理しなくてもいいとは思います。 重要なのは、テクニカルレプリケートをとってそれをどう扱うかを事前に決めておくことで、結果がこうだったからと都合のよい解釈でその都度判断を変えるのが一番よくないと思います。 大抵の場合テクニカルレプリケートはもとめられないですが、バイオロジカルレプリケートは論文の基準として求められるのでそこが担保されてれば問題ないでしょう。N=2でとって都合の悪い数値を除くというのは恣意的な感じはしますが、N=3のテクニカルをとって3のうち2つぐらい同じような数字になったもののアベレージを取るとかは別にいいと思います。要するに、事前にその処理を決めておけばあとはそれをどこまで問題だと判断するか次第です。 バイオの研究は技術的限界点や検出感度、個体差などとにかく見ている現象以外に介入する可能性のあるものが多いです。これを機械的に処理できれば話ははやいんですが、どうしても技術的限界でノイズがあることは避けられないので、最終的には自分が見ている現象のうち何が有意義で何が有意義ではないかという研究者の主観が介入せざるを得ません。それを説得力もって示すのが研究であって、ただ機械的にP値や統計的処理をして差があったから意味があって差がないから意味がないというのも研究ではないと思います。そもそも下手な人が実験をやってうまくいってないデータがあったとして、やったからには全てのデータを開示してるわけでないのだから、その時点で研究には主観が入ってます。重要なのは何が真実で何が嘘かであって、こうする”べき論”であってはいけないとおもます。データ処理については、理由があってこういう処理はしては”いけない”というのはあるとは思いますが。ただ、どのような方法、考え方でデータを処理したかは記録して場合によってはそれに正当性を持たせる責任も本人でしょう。 ちなみにqPCRのデータは自分は基本的にテクニカルレプリケートは取ってません。変な数値が出た場合はその実験をどこかのステップからか基本すべてやりなおすものだと認識してますし、突き詰めたらブレてる時点でそのぐらいのノイズが介入する可能性がある実験ということなのでその実験手技やその程度の差では当てにならない可能性もあるかもと思う方です。 まあ、考え方は色々でしょう。

(無題) 削除/引用 No.12841-20 - 2025/02/27 (木) 09:54:15 - おお >2-3wellを数回再検査することだってありますよ。 これは方法だと思いますが、逆に余分に時間を取られる。実験のスケジュールがつまっているならそれよりもウェルを一つ余分に用意するほうが得策だったりもすると思います。

(無題) 削除/引用 No.12841-19 - 2025/02/27 (木) 06:34:41 - おお >[Re:18] ｃさんは書きました : > へ？で100wellまで増やしますか？　本当に勘弁してください！　 > > 自分の中でそのqPCRの数パーセントの精度がどれだけ大事かなど考えて、頭使ってください！ > こういう、データに対して無視考なのに無駄に潔癖症な価値観を広められると査読やデータ議論などが本当に面倒くさいです。研究者という立場から世界の発展のために、何ができるか考えてください。税金も時間も大事にしましょう！若者の芽を摘む原因にもなります。 > だからその上での議論を皆さんはしていると思われます。 >再検査、別のサンプルを使う、別の検査を行うなど本当にいろいろなオプションがある中 読まれてないのかもしれませんがそういう議論が色々提示されてますよ。

(無題) 削除/引用 No.12841-18 - 2025/02/27 (木) 05:27:57 - ｃ へ？で100wellまで増やしますか？　本当に勘弁してください！　 自分の中でそのqPCRの数パーセントの精度がどれだけ大事かなど考えて、頭使ってください！ ラボのルーチンに従いつつも状況によっては、1wellで十分な場合もあるし、逆に2-3wellを数回再検査することだってありますよ。 再検査、別のサンプルを使う、別の検査を行うなど本当にいろいろなオプションがある中、ルーチンとしてwell数を増やしていくというのは本当に愚策です。 こういう、データに対して無視考なのに無駄に潔癖症な価値観を広められると査読やデータ議論などが本当に面倒くさいです。研究者という立場から世界の発展のために、何ができるか考えてください。税金も時間も大事にしましょう！若者の芽を摘む原因にもなります。

(無題) 削除/引用 No.12841-17 - 2025/02/27 (木) 03:59:01 - おお >[Re:15] うさんは書きました : > テクニカルなエラーが２回起こって、１回だけがエラーなしになってる場合を区別できるんでしょうかね これはたしかに盲点ですね。スキルとかも関係するかもしれませんが、昔どなたかが大体１００Wellに一つぐらい外れ値が出てくるといってました。そのスキルであれば３Wellsのなかで２つハズレ値を引く確率は、 0.01x0.01x0.99x3C2 でしょうかね。確率は言い換えれば割り切りなので、これが起りえると思うか、思わなければならないのか、起こることはないだろうと進めるかということになりますかね。 自分のやっている環境やスキルで頻度が高いことがわかっていればおそらく３Wellsじゃなくってもっと使おうかとか感覚的になるでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.12841-16 - 2025/02/26 (水) 15:45:22 - 774R 誰も区別できるなんて一言も言ってないと思いますが、なんでそんな疑問が湧いたのか興味深いです。

(無題) 削除/引用 No.12841-15 - 2025/02/26 (水) 13:18:52 - う テクニカルなエラーが２回起こって、１回だけがエラーなしになってる場合を区別できるんでしょうかね

(無題) 削除/引用 No.12841-14 - 2025/02/25 (火) 08:59:47 - おお >[Re:13] ｃさんは書きました : > 例えばもう一セット、特にばらつきが見られるところをやって最終的にn＝４にするとかもできるわけだし。 > > だから言ってるじゃないですか？なぜとりぷりけっとか？ このとりぷりけっとはテクニカルのことを言っているのか、バイオロジカルのことを言っているのか。。。私が申し上げたのは後者の方。 >自問自答したら答えは出ると。それすらも自分で考えられずに漫然と作業をしているのであれば100wellすればいいんですよ。 ま、私のやり方に否定的ではないなら、あなたがいう答えにたどりついているってことですよね。 でも１００Wellせんでもいいでしょう。てか何も考えないにしてもテクニカルなWellの数を４とかにするとかふやせばいいとなりますけど。

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