全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.12966-3 - 2025/05/23 (金) 11:12:00 - Nature論文 CAT先生 早速ご教授いただきまして、心から感謝しております。 ありがとうございます。 なるほど、この11個の帯は11個分のリードを表しているのですね。 Iについてもinsertionとのこと、理解できました。 また質問をしてしまうかもしれませんが、その時はまたどうぞよろしくお願いします。 まずはしっかり読み進めます。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.12966-2 - 2025/05/23 (金) 10:54:46 - CAT IGV viewerの見方ですね。 Iはアイではなく、インサーションのことです。ここに何らかの塩基が入っていることだと思いますが、NGSはエラーが多いので、真のインサーションではないと思うので、無視していいと思います。 論文に挙げている配列はごく一部なので、実際には、100以上のリードがあるはずです。ですので、パーセンテージに関しては、図とは一致しなくても全くおかしくありません。

癌変異のIGV track dataという図の読み方について 削除/引用 No.12966-1 - 2025/05/23 (金) 09:24:22 - Nature論文 大変恐縮ですが、図の見方をご教示いただけましたら幸いです。 今、Natureのミトコンドリア水平伝搬の論文（Nature, 2025, PMID: 39843734）を読んでいますが、Figure 1aの図の読み方がわかりませんでした。 言いたいことはわかる（正常細胞と癌細胞でミトコンドリアDNAの配列を読んで、その違いを示している）のですが、Fig. 1aの中に"I"とポツンと書かれてあるのはfigure legendにも説明がなく、本文中にもありませんでした。これは何を意味しているのでしょうか。 また、Bulk TIL02を見ると縦に11個、グレイの帯が載っており、そのうち10個で6070T>C変異が検出されたと読めるので、10/11= 90.1%がallele frequency (AF)になるのではないのでしょうか。けどFigure1aにはAF, 85%と書かれてあります。そもそもこの11個のグレイの帯（Bulk TIL02と書かれてあるくらいなので、シングルセル11個分のミトコンドリアDNAというわけではないと感じています。）が何を意味しているのかも、門外漢すぎて理解出来ておりません。 このような質問をしてしまい、大変恐縮ですが癌研究を周りにしている方がおらず、聞けない状況です。 どうかご教示いただけましたら幸いです。

全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---