細胞刺激によってあるたんぱく質のアイソフォームが変化するのではないかと考えて、解析を行っております。
Exon1-5とExon10-20までが定常部分で、その間が可変部分です。10個の可変部分のExonの入り方はある程度の決まりはありますが、絶対ではありません。
Sashimi plotで表示することには成功したのですが、どうやって、定量化するのが正しいでしょうか。
RNA-seqは短いので、当然ながら、一つながりにはなっていません。
まずは、可変部分が入っている場合と入っていない場合でどれくらい差があるのか、さらにパターンの違いを調べたいのですが、どういう方法が定量性があるのでしょうか。 |
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