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(無題) 削除/引用 No.13094-3 - 2025/08/31 (日) 12:18:48 - G25 何を目的としたRNA-seqでしょうかね。 全転写産物の全配列を網羅的に読んでスプライスバリアントの変動なんかも狙うのか、単に発現量の変動だけ見るのか。 後者の場合、SRで50とか70とかでもいける場合があるのに、受託会社は一律PE150みたいなプランしかオファーがないよね、というような話をNGSerメーカーの営業の人が言っていた。

(無題) 削除/引用 No.13094-2 - 2025/08/30 (土) 08:51:44 - おお ヒトなどで、60 million readsあれば十分発現のプロファイルがみれて、そこまで読まない事も多いです（半分ぐらいで十分といった感覚）。スプライシングなどでは60 million reads以上あったほうがよいとは聞きますので、サンプルや解析したいもので変わってくるのではないでしょうか。私の場合はmRNA解析でしたが、Totalで読む場合は数字が変わってくるかもしれません。

RNA-seqのリード数 削除/引用 No.13094-1 - 2025/08/29 (金) 06:19:14 - Kick shRNA処理前と処理後の比較をRNA-seqで行う予定です。 150PEで、6gbpが標準だと思いますが、12Gbpにする意義はありますでしょうか。 6gbpあれば、基本的には十分なのでしょうか。

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