>[Re:1] kenさんは書きました :
> 網羅的遺伝子発現解析で、GSEAを行っています。
> 3対3の比較だと、prerankedの設定の方が正しい結果が出るという助言を、Chatgptに聞いて、実際に行ったところ、通常の解析よりも圧倒的にいい結果が出たのですが、これは正しいやり方のでしょうか。
>
>
いい結果って何だろうと思ってしまいます。一般的には自分が期待した結果が出るといい結果と思いがちです。まあ傾向が一緒ならいい方で良いかもしれません。勿論方法論は明記した上で。
preranked は発現量を考慮しています。ランクという言い方なので量を直接入れている訳でなく、一番発現差があるものからランクづけするだけでですから2倍でも10倍でもランクでトップになる可能性があります。
全体的によく出来た方法ですが遺伝子発現だけがフェノタイプを反映している訳でもないので、それを持って正確というのはちょっと言い過ぎかなと思います。
ですから検証を何らかの形でやる事が好ましいと思います。 |
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