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Westernの結果をFigureにする際の注意点 トピック削除
No.13226-TOPIC - 2026/03/09 (月) 03:01:11 - west
Westernを行いました。

メンブレンを細かく切り分けたため、キャプチャーした写真を切り取るとメンブレンの端が含まれてしまいます。

Figureにする際には、問題はありませんか?
昨今、写真の加工による捏造等が問題になっているので、変な疑いを受けないか、一抹の不安が残ります。
 
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(無題) 削除/引用
No.13226-10 - 2026/03/11 (水) 17:57:29 - ぽいう
>それは違うと思います。

あらそうですか?

(無題) 削除/引用
No.13226-9 - 2026/03/11 (水) 17:31:29 - おお
>[Re:8] ぽいうさんは書きました :
> メンブレンを切る前提として、そのバンドが間違いなく調べたいバンドであることが確認できている、だからそこだけ見れば良い。ということなので、確認できているなら堂々と切り取ったメンブレン断片を示せば良い。レビューワーから指摘を受けたら、その確認の根拠を示せばいいんです。 その根拠をいちいち示すのが面倒だからメンブレン全体を見せているだけ。

それは違うと思います。

(無題) 削除/引用
No.13226-8 - 2026/03/11 (水) 15:37:42 - ぽいう
メンブレンを切る前提として、そのバンドが間違いなく調べたいバンドであることが確認できている、だからそこだけ見れば良い。ということなので、確認できているなら堂々と切り取ったメンブレン断片を示せば良い。レビューワーから指摘を受けたら、その確認の根拠を示せばいいんです。 その根拠をいちいち示すのが面倒だからメンブレン全体を見せているだけ。
バンドのハジが見えていいかどうかではないと思う。

一枚のメンブレンを切って複数の抗体で染めるのは仕事の効率を上げ、悪いことでも間違ったことをしているわけではないから、そのバンドが間違いではないことを示せばいいだけですよ

(無題) 削除/引用
No.13226-7 - 2026/03/10 (火) 05:33:36 - おお
膜を切ってもいいかという点では意見が分かれるところだと思います。どちらかといえば切ってもいいだろうと思ってます。

切らない場合、分子量の違うシグナルが見えるかどうか見たほうがいい(抗体の特性として、あるいはその遺伝子産物の特性として)という理屈から来ていると思います。科学的にはきっちりしたアプローチでそちらの方をどちらかといえば推奨しますが、切ってから検出したらだめとは言いません。使った細胞や組織において一度は切らないイメージを取っておくといいでしょう。ちなみに30kDaの蛋白の抗体で60kDaのエキストラのバンドが出るのをきっかけに60kDaが30kDaのホモログであることがわかったような事例があります(ゲノムプロジェクトもまだ初期の段階でどんな遺伝子産物があるか全容が掴めないような時代のことでしたが)。論文として示すか、示さないかは置いといてエキストラのバンドはある程度気に留めて置くべきでしょう。

切ったときメンブレンの端にシグナルが出ることについてはまあそういうもんです。ですからそこまで困ることではないと思いますが。やり方としてはメインの図には端をトリミングした状態で示す。SIにメンブレンの明視野でのイメージとWBのイメージをマージした図を示しておく。別にメインの図はトリミングしなくてもいいですが、その時は端由来のシグナルというのを注釈を入れて、SIにマージした図を載せて根拠を示しておく。

切った、切ってないどちらにしてもあまりあれこれいじらずありのままを示すのが解決方法だと思います。
少し前の質問で色々な細胞である刺激を加えると発現が上がるとされている遺伝子を見たら、発現が上がらないものもあったという質問がありましたが、それもやはりありのままを示すのが第一選択だと思って回答した次第です。

(無題) 削除/引用
No.13226-6 - 2026/03/09 (月) 15:50:42 - w
追記します。

予期しない分子量にシグナルがあったらダメということでなくて、それについて考えられる合理的な理由なり意味を説明すれば良いのであって、どうしても説明つかない場合は例えばバンドにアスタリスクつけて非特異的な反応や由来不明のシグナルならばNSとかunidentified signalとかFigure legendに注釈を入れることもできるので。 たまたま見つけたエクストラシグナルが時には予想外の重要な発見や他のデータの新たな解釈につながったりすることもあるし。シニアの人はついついどうしたら論文がスムーズに通るかどうかが大きな関心事になりがちですが、若い人はもっと大事なことにも目を向けてもらえたらと思います。。

(無題) 削除/引用
No.13226-5 - 2026/03/09 (月) 14:00:18 - w
メンブレンを切って特定の分子量近傍だけを抗体反応させたということで、その前の段階として、使用した抗体全てについて、少なくとも1回は切らずに全メンブレンを抗体反応させてみて、論文の読者に報告すべき所見(明らかな非特異的反応、あるいは高分子量へのシフトや分解を示唆するシグナル)がなかったというデータが必要ですが、それはクリアされていますか。その上でなら端が見えても、切ってから抗体反応したとどこかに書けばそれで良いと思います。
私たちはバンドが一つでも切らずにメンブレン全面をFig(もしくはサプリメンタリ)にしてます。複数の抗体を使用する場合はリプロービングで対応してます。

(無題) 削除/引用
No.13226-4 - 2026/03/09 (月) 13:42:12 - ぽいう
メンブレンが切り取られた断片だってことが写真からわかってしまう、ってことでしょ。

切ったメンブレン断片を写真にしているんだから、それを隠そうという意図がコスい。

ハジが見えるのが嫌なら、切らずにメンブレン全体でウエスタンしよう。

(無題) 削除/引用
No.13226-3 - 2026/03/09 (月) 12:17:46 - が
言い方、、、

>membraneの端が含まれると何か問題なのかわかららないので教えてください。
じゃなくて、membraneの端が含まれても、問題ないですよ。

って優しく教えてあげましょう。

(無題) 削除/引用
No.13226-2 - 2026/03/09 (月) 10:19:45 - w
membraneの端が含まれると何か問題なのかわかららないので教えてください。

Westernの結果をFigureにする際の注意点 削除/引用
No.13226-1 - 2026/03/09 (月) 03:01:11 - west
Westernを行いました。

メンブレンを細かく切り分けたため、キャプチャーした写真を切り取るとメンブレンの端が含まれてしまいます。

Figureにする際には、問題はありませんか?
昨今、写真の加工による捏造等が問題になっているので、変な疑いを受けないか、一抹の不安が残ります。

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