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(無題) 削除/引用 No.13227-12 - 2026/03/17 (火) 08:50:52 - noname https://nippongene.jp/data/497 こんなのがありましたよ

(無題) 削除/引用 No.13227-11 - 2026/03/16 (月) 20:05:20 - ema Lysishaフェノール系の方が力が強いのでフェノール系で撮って、クリーンアップ Qのつく会社　のmini kitだとロスが多いかもしれません。 micro （30-100ul)もしくは　私はNucleoSpin　XS　(5ul-10ul)少量溶出で。 最後の洗浄をキット洗浄バッファーではなく80％EtOHでよく乾かすくらいのスピンの方が夾雑物は少し少ないかなと思います。 ナノドロップは低濃度の所では正確ではないので、バイオアナライザーで流して濃度を想定しています。

(無題) 削除/引用 No.13227-10 - 2026/03/16 (月) 19:50:05 - G25 組織とはどのような？ 組織だからといって収量が著しく低くなるということは普通ないはず（ちゃんと取れる製品が提供されているはず）なので、材料に固有の問題とかプロトコールからの逸脱とかなにか原因があるはず

(無題) 削除/引用 No.13227-9 - 2026/03/16 (月) 19:41:02 - G25 「純度が低い」とは抽象的ですが、何が問題なんでしょうか？ OD260/280 Ratioなんかの話？　DNAのコンタミネーションの話？

追加情報です。 削除/引用 No.13227-8 - 2026/03/16 (月) 19:19:18 - まろ 皆さま、ご助言ありがとうございます。 コメントの中で使用カラムを提示して方が良いとのことでしたので、 追加コメントと併せて投稿します。 使用カラムキットはQのつく会社（製品名を言っていいのか？分かりませんので）のカラムで、gDNA除去カラムも付いたものになります。 ただ、gDNA除去は、コメントにあるようにロスが大きくなりそうなので、使用したものとそうでないもので試してみましたが、いずれも検出できないくらいの収量でした。 組織は、脊髄・脊髄後根神経節ですので、RNA絶対量が少ないのは十分承知していますが、それでもカラムを使わないと一応は回収できるので、困っています。 コメントの中で、カラムを使わずにSmall RNA抽出に適した方法があるようなので、少々安心していますが、純度の面から、やはりカラム使用もできるように改善したいと考えています。 引き続き、ご助言いただけると幸いです。

(無題) 削除/引用 No.13227-7 - 2026/03/15 (日) 10:27:42 - G25 total RNAの精製にしても相分離させて水相を吸い出すより、上清を回収して沈殿を残す方が容易だしコンタミネーションも起こりにくい。

(無題) 削除/引用 No.13227-6 - 2026/03/15 (日) 10:23:29 - G25 > 今後microRNAの回収も予定しており、そちらはカラムでの回収方法しか認識していないので困っています。 AGPC法の発展形(発明者も同じ)RNAsolも選択肢になるかと。 単相のAGPでホモジナイズした後、Cを加えて相分離させるのではなく、水を加えてRNAを含む上清と不純物の沈殿に分ける。miRNA回収のプロトコールもあり。 https://www.cosmobio.co.jp/product/detail/mor_20100514.asp?entry_id=6000

(無題) 削除/引用 No.13227-5 - 2026/03/14 (土) 21:37:23 - TS 組織や組織量とかは言えますか。また使用されているカラムタイプのキットも開示されたほうが良いかなと思います。 なんとなくですが、�@、�Aでとれなかった原因は違うのではないでしょうか。カラムタイプのLysis bufferではかなりとれない組織ってありますよね（心筋とか）。あるいはカラムタイプのキットでロスが大きいとか。最近、ゲノムDNAをカラムで除去するタイプのキットがありますけど、あれ、抽出したRNAを通すと結構ロスりませんか。

(無題) 削除/引用 No.13227-4 - 2026/03/13 (金) 09:27:08 - ぽー フェノールで（純度が低くても）RNAが抽出できているのであれば、 上清をもちいずに、純度の低いRNAをカラムで精製すればいいのでは？

(無題) 削除/引用 No.13227-3 - 2026/03/13 (金) 02:17:53 - おお 提示された情報だけでそのキットでどう改善するべきか指摘するのは無理です。 経験的に最後に溶出が不十分で回収率が下がる事はあるにはあります。 工夫することとしてプロトコールで示された半量の溶出液で2回スピンする。溶出液カラムに加えて水分が行き渡る様にしばらく待つ。1、2分とか。カラムにによっては温めた溶出液でないと収量が低下する様なものもあります(と言う事はどのカラムにおいても冷えた状態で溶出するとか冷えた溶出液を使うのはあまり良くない可能性がある、遠心機も冷えてない方が良かったり)。また、溶出液を加える前に、一度何も加えずスピンすることでアルコールを抜く方がいいと言う事もあります。お使いのキットの説明書、トラブルシューティングなどを読みながら上記の改善方法など考えてみてください。また、溶出後、RNA を測るまではカラムをキープしておくといいかと。低い時はもう一度溶出するとかできますし。 余談ですが、trizolなど層分離して水層を回収したのちクロロフォルム処理を1、2回すればRNA seq に十分な純度が得られます、多糖類が豊富なサンプルでない限り。 マイクロRNA の精製でフェノール系を使うならRNAzolという試薬もあります。

(無題) 削除/引用 No.13227-2 - 2026/03/12 (木) 21:26:22 - w ``路頭に迷う``、というのはそういう意味で使う言葉ではないような気がするんだがまあそれはそれでいいとして、組織は何ですか。RNA抽出Kitはいいものがいろんなメーカーから出てるし、時期によってはサンプル提供品やキャンペーンも他の製品よりも割とよく見かけるので、スモールスケールでいくつか試してみればどうですか。

組織からのRNA抽出の効率 削除/引用 No.13227-1 - 2026/03/12 (木) 18:42:56 - まろ いつも参考にさせていただいています。 この度、路頭に迷っているので皆様に相談させていただきます。 標題の通り、組織からのRNA抽出を行なっていますが、フェノール系試薬を使用して古典的な方法（クロロホルム→イソプロパノール→エタノール）では純度は低くとも問題無く抽出できますが、この度RNAseq使用のため純度が必要なので、カラムを使用した方法で抽出を試みました。 �@最初は、組織からキット専用のLysis buffer使用して抽出したが回収できず �Aフェノール系試薬＋クロロホルムの上清を持ちいてから 　カラムに移して抽出したが殆ど回収できず となり、困っています。 細胞を使用した場合は、�@�Aとも回収量は下がりますが回収はできていますが、 組織になると、濃度測定ができないくらいになっています。 ただ、カラムに移す際にエタノールなどを入れた際には白濁するので、RNA自体は存在しているとは思っています。 total RNAだけなら、回収できる方法で行なえばいいですが、今後microRNAの回収も予定しており、そちらはカラムでの回収方法しか認識していないので困っています。 初歩的な質問で申し訳ありませんが、皆様のご意見を教えてください。 宜しくお願いします。

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