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お礼 削除/引用 No.1419-6 - 2013/02/06 (水) 16:04:16 - ハルナ ありがとうございます。 既にA種やB種に近いC〜F種についてα遺伝子の解析が済んでいるならば、多型が少ないところにプライマーを設計して読んでいきます。 の記述で、とてもよく理解できました。

(無題) 削除/引用 No.1419-5 - 2013/02/06 (水) 15:37:19 - KEN 打ち間違えました。 BLASTではなく、NCBI。

(無題) 削除/引用 No.1419-4 - 2013/02/06 (水) 15:29:18 - KEN >A種のプライマーあるいは塩基配列を参考にして、B種のα遺伝子の塩基配列をまず読んでしまう そういうことですね。 既にA種やB種に近いC〜F種についてα遺伝子の解析が済んでいる(BLASTに登録されている)ならば、多型が少ないところにプライマーを設計して読んでいきます。 あくまで私のやり方ですが。 また、配列解析用のプライマーは、多型がありそうなところに設計する時は、プライマーに複合塩基を入れたりすることもあります。

(無題) 削除/引用 No.1419-3 - 2013/02/06 (水) 15:13:10 - ハルナ さっそくの返信ありがとうございます。 ご指摘のとおり、そのままプライマーを流用できるのであればそれが一番でいいのでしょうね。 頂いた解答は、A種のプライマーあるいは塩基配列を参考にして、B種のα遺伝子の塩基配列をまず読んでしまう、という理解でよろしいですか？

(無題) 削除/引用 No.1419-2 - 2013/02/06 (水) 14:58:41 - KEN A種とB種でα遺伝子の発現を比較したいということですか？ 自分は、そういう時は、先にB種のα遺伝子の配列を決定しています。 （特に、A種でプライマー設計している付近） せっかくA種の発現データがありますから、プライマーがそのまま使えそうであれば、そのまま利用。 配列が異なっているのであれば、両者で配列が同じ所を狙ってプライマーを設計します。 A種とB種を比較する必要がないならば、シークエンス結果を元に既出のプライマーの配列を少しいじる程度にするかもしれません。

リアルタイムPCRのプライマー設計 削除/引用 No.1419-1 - 2013/02/06 (水) 14:48:01 - ハルナ A種のα遺伝子については、mRNAの塩基配列が決定されており、かつリアルタイムPCRによってその遺伝子発現が計測されているものとします。 ここで、A種と非常に近縁なB種についてもα遺伝子の遺伝子発現をリアルタイムPCRによって計測したい。ただしB種についてはα遺伝子の配列は決定されていない状況を考えます。 この場合、B種のα遺伝子について、リアルタイムPCRに用いるプライマーを新たに設計する必要があると思いますが、一般的にその設計にはどのような手順を踏むのでしょうか？ いくつか方法があろうかと思いますが、皆様はどのようにされておられますか？ 素人質問で申し訳ありませんが、どなたか、お教えください。

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